净化空调系统的施工安装是洁净厂房施工建造的重要组成部分，应根据洁净厂房工程的整体施工要求、计划进度和洁净室特有的施工程序进行组织安排。通常净化空调系统的施工安装基本要求如下：承担洁净室净化空调系统施工的企业应具有相应的工程施工安装的资质等级和相应的质量管理体系、职业健康与安全管理体系等；施工企业应按洁净室工程的整体施工程序、计划进度组织安排施工，并应注意与土建工程施工及其他专业工种相互配合。施工过程中应按规定做好与各专业工程之间的交接，并相互保护好已施工的“成品”，认真办理交接手续和签署记录文件，有的还需业主、监理共同签署；净化空调系统的施工安装以及风管及附件的制作、设备和管道等的安装、检查验收、测试等均应符合现行国家标准《洁净厂房施工及质量验收规范》《通风与空调工程施工质量验收规范》等的有关规定；各种用途的洁净室空气洁净度等级不同，洁净室内产品生产的要求不同，具体工程的实际条件不同，因此具体洁净工程的净化空调系统的施工安装必须严格按设计图纸和合同的各项要求进行。
施工过程中由于各种原因需进行修改时，应得到工程监理、设计方的认可，必要时应得到业主的同意，并应作出相应的记录文件，在施工过程中，根据需要，由施工企业承担必要的深化设计时，其设计文件应得到设计方、业主的确认；施工过程所使用的设备、材料、附件或半成品等，应符合工程设计图纸的要求，不得产生或散发对洁净室内产品生产的正常进行、产品质量和人员健康有害的物质，并应具有产品合格证等;进施工现场应进行验收和得到工程监理的认可，并做好验收记录。这里所要求的不得产生或散发的有害物质，其内涵较为广泛，有的容易认知和控制，如影响人员健康的甲醛等;有的则不容易认知和控制，尤其是影响产品质量的有害物质，常常与产品生产工艺、产品特性等有关的化学污染物、微生物等，建议施工企业与建设单位签订合约时，宜增加此项内容，并由建设单位认真研究和提出要求。隐蔽工程，在进行隐蔽前应经工程监理的验收、认可，并做好记录。净化空调系统的分项工程一般有:风管及附件制作、风管系统安装、消声设备和附件安装、风机安装、空调设备安装、高效过滤器安装、局部净化设备安装、风管和设备的绝热保温、系统调试和试运转等。净化空调系统的施工通常应遵循以下流程:现场测定放线→安装风管吊架→风管连接→分段漏光检查→风管吊装→漏风检测→风管绝热保温风口安装→空调设备试运转→系统空吹→高效过滤器安装→系统调试→系统测试.净化空调系统施工安。