冷链运输的方法包括自行运输、委托运输，专用车辆运输、专用箱运输。自行运输，是由医疗器械生产、经营企业使用自己的具有冷藏冷冻功能的专用车辆或专用箱进行运输；委托运输，是医疗器械生产、经营企业委托有冷链运输资质的第三方，运输需要冷链管理的医疗器械。
无论是自行运输还是委托运输，运输过程中的温度确认，通常有验证法、实时记录法、在线测控等方法。
验证法是相对比较传统的方法，主要是针对需要冷链运输的温度要求，采用一系列的方法、仪器，对用于冷链运输的车辆、箱能否达到冷链运输的温度要求进行验证。通过验证确认用于冷链运输的工具具有温度的保证能力。
实时记录法，就是在用于冷链运输的车辆、箱中，配置具有温度自动记录和存储功能的设备，对运输过程中的温度情况进行全程实时记录。通过调取记录设备中的数据，确认运输过程中的温度是否符合规定的要求。
在线测控法，就是在用于冷链运输的车辆、箱中，配置温度自动记录、存储，并具有将数据上传网络功能的设备，对运输过程中的温度情况进行全程实时记录并上传至发货单位和收货单位。发货、收货双方可以在线实时观察医疗器械运输过程中温度控制情况，必要时进行干预。