注册公司时，小规模纳税人和一般纳税人的主要区别体现在以下几个方面：
年销售额标准：小规模纳税人的年销售额在规定标准以下，具体来说，是年应税销售额不超过500万元的纳税人。而一般纳税人则是指年应征增值税销售额（包括一个公历年度内的全部应税销售额）超过国务院财政、税务主管部门规定的小规模纳税人标准的纳税人。
会计核算和税务资料报送：小规模纳税人的会计核算可能不健全，不能正确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额，也不能按规定报送有关税务资料。而一般纳税人则必须具备健全的会计核算，并能提供准确的税务资料。
税收政策：小规模纳税人和一般纳税人在税收政策上也存在差异。一般来说，小规模纳税人的增值税按照“不含税销售额乘以征收率”计算，而一般纳税人的增值税则按照一般的税率计算。一般纳税人的基本税率通常为17%，但也有5%、6%、11%的税率，而小规模纳税人的税率则相对较低。
需要注意的是，对于主要从事生产或提供应税劳务（特指加工、修理修配劳务）的公司，年销售额在100万元以上的可以认定为一般纳税人，100万以下的为小规模纳税人。而主要从事货物批发零售的公司，年销售额180万以上的可以认定为一般纳税人，180万以下为小规模纳税人。
以上信息仅供参考，如有疑问，建议咨询专业的税务人员或律师。