现阶段保税仓的发展方向为“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能。
转口贸易业务流程主要包括的税目有增值税、所得税、个税和合同印花税等。
（1）无企业增值税，无进口关税。地区商贸公司代理转口贸易的举动并不能被认定中国境内销售商品，依据所得税暂行规定实施办法的相关规定，由于中国企业代理别国公司转口贸易个人行为，商品的起运地或所在城市也不中国境内，所以中国企业代理别国转口贸易归属于在境外销售商品，不属企业增值税征税对象，不用缴纳增值税。与此同时，因为货品未具体出入境，所以也不征缴进口关税。
（2）增值税。转口贸易涉及到对外支付的提成，国际贸易公司在进出口贸易环节中，做为卖家或是买家付给具有独立的地位零售商代理商交易或促成交易所获得的服务项目酬劳。根据国家计税方法，付款境外公司提成需代收代缴增值税。对外支付提成增值税交纳方法有三种情况：一是假如海外零售商在境内配有经营机构的，应当由其自主纳税申报；二是假如海外零售商未设经营机构然而有地区代理人的，由委托代理人代扣代缴税款；三是假如海外零售商在境内既未配有经营机构、亦无代理人的，由一次性支付提成者代扣代缴税款。除代收代缴增值税之外，与此同时还要缴纳相对应的附加税、教育附加费与地方教育附加费。若国际贸易公司在转口贸易中扣除代理费用，则该项收益都将被征收增值税。
（3）个税。除商贸公司内部人员须缴纳个税之外，依据中华共和国个人所得要求，公司在产品销售发生的时候付给中介人（有权利从业中介机构的单位或者个人）的酬劳应按照劳务报酬缴纳个税。向海内外给予服务咨询的企业支付提成付款者要按劳务报酬代收代缴个税。
（4）所得税：依据所得税法的相关规定，国际贸易公司所发生的转口贸易收益应按规定记入所得税应纳税收入，申请缴纳企业所得税。针对向海外代理公司收取的提成，假如海外代理公司在中国组成办事机构则应当在中国缴纳企业所得税，不然不用在中国缴纳企业所得税。
（5）合同印花税。依据合同印花税暂行规定的相关规定，转口贸易所签署的购料和卖货合同书归属于合同印花税的应纳税额合同书，应按规定缴纳印花税。要是合同书在海外签署的，应在中国使用中贴花纸。
