公司有投诉的情况下，是否能注销需要根据具体情况而定。一般来说，在存在被工商机关投诉的事项时，需要遵循特定的程序步骤，签署并提交相应的指ding授权委托书，并准备齐全所需相关备案文件之后，可提出撤销营业执照的申请。但如果公司正在进行诉讼，那么通常不可以注销，需要等待诉讼结束后，清算组才能准确确定公司的资产和债权债务情况，进而进行注销。
在注销公司之前，要做清算，清算是一种法律程序，注销公司时，必须进行财产清算。未经清算就自行终止的行为是没有法律效力的，不受法律保护。公司清算因清算的性质不同而有所区分，例如公司因破产而清算，适用《企业破产法》和《民事诉讼法》；公司因非破产清算（是指公司自愿解散和被责令依法解散的情形），适用《公司法》和《民事诉讼法》。