对于洁净厂房来说，有空气洁净度要求的生产房间（区）往往仅为部分工序或者部分部件的生产区，即便是全部产品生产区要求具有不同等级的洁净室（区），但洁净厂房内还有生产用房、公用动力和净化空调机房等为一般环境，所以洁净厂房内部往往兼有洁净生产环境和一般生产环境；各类产品生产用洁净室要求的空气洁净度等级是决定洁净生产区平面布置的主要因素，在进行综合性厂房的平面布局时，一般应将洁净室（区）与一般生产环境的房间分区集中布置，以有利于、物流的安排和防止污染和交叉污染，也有利于净化空调系统及其管线的布置和减少建筑面积等。对兼有洁净生产和一般生产的综合性厂房，在考虑其平面布局和构造处理时，应合理组织、物流运输及消防疏散线路，避免一般生产对洁净生产区带来不利的影响。当防火方面与洁净生产要求有冲突时，应采取措施，在保证消防安全的前提下，减少对洁净生产区的不利影响。
各类机房主要借管道线路同洁净生产区相联系，因此他们既能同所服务的洁净室组合建在一幢厂房内，也可单*见识；组合建在一幢厂房内时，可以缩短管道长度，减少管道接头和相应的渗漏污染机会，降低能源消耗，并且节约用地，减少室外工程和外墙材料消耗，当机房位于洁净室的时，还可减少洁净室的外墙面积，减低洁净室维护结构的散热量。但在一些技术改造工程中为了利用原有房屋，或者受到条件限制，单*建造净化空调机房，并同洁净厂房保持一定距离。此外，若工程对于防微振有要求时，也可将机房与厂房脱开布置。当净化空调机房位于洁净厂房内时，应根据各洁净室的空气洁净度等级、面积、生产工艺特点、防止污染或交叉污染的要求与运行时间、班次等因素，考虑系统的合理划分，确定相应的机房布局。厂房面积较大或者洁净生产区过于分散，集中设置机房使机房布置困难，在经过技术经济比较落后，也可分设几处机房；在技术改造过程中，往往因原有房屋空间条件有限，需将净化空调设备分散设置在各洁净室附近，分散设置方式的风管短，布置灵活，较能适应和利用原有空间，但在实际应用时应充分考虑噪声与振动对产品生产可能带来的影响。在某些工程中，既使用集中式净化空调机房供大部分洁净生产区安装的净化空调装置，又对特定局部空间使用分散式的净化空调装置，满足生产工艺的需要，它有集中式与分散式的特点，*加经济灵活，适应产品生产的要求。