保税仓报关是指在保税仓储内进行的报关手续。保税仓储是指在经过海关批准的一定范围内，可以实现进出口货物不缴纳税费的特殊仓储方式，通俗说就是在海关管辖的特殊地区内，可以进行海关监管下的进出口贸易活动。深圳保税区就是这样一个特殊地区。
在保税仓内进行报关，可以分为出口报关和进口报关两种情况。
出口报关就是把货物从保税仓内出境的过程中需要进行报关。在保税区或保税仓库内的出口报关，可以通过口岸海关或者保税区内的海关进行申报，都需要提供和普通报关一样的相关证件和手续，比如出口发票、海关核销单、出口加工单等。需要指出的是，在这个过程中，还需要进行货物查验和核算，保证货物清单和证件一致。
进口报关则与出口报关不是需要把货物从境外运送到保税仓内的过程中进行的报关。进口报关需要填写和提供更加详细的进口单证清单，比如进口合同、外汇收款单等，以确保货物可以顺利进入保税区。而作为进口方，还需要进行设备验收和提交相应的税单，以确保关税和增值税的缴纳。进口报关相对于出口报关而言，涉及到的手续更加繁琐。
为了方便企业进行保税仓报关，许多企业都选择代理报关。他们可以选择直接与保税仓库进行合作，或者通过报关代理公司进行管理。报关代理公司是指通过机构拥有专业人才及相关资料等资源，以代理企业完成进出口贸易报关业务为主的企业。
报关代理公司所提供的服务包括进出口申报、税费核算、货物查询、出证办理等服务，一般都会提供完整的进口或出口报关流程。与保税仓库进行合作，应该提前与保税仓库内的报关人员进行了解，并预约对接，以确保顺利的通关。