在有资格的第三方认证机构申请办理。申请ISO9001质量管理体系认证的所需申请材料如下：iso9001质量管理体系认证申请书；企业营业执照副本和组织机构代码证的复印件；质量手册及程序文件；企业产品和服务流程说明书；企业基本情况及员工情况。一般申请步骤如下：准备申请材料；提出认证申请并提交申请材料；认证机构审核；审核通过颁发认证证书。认证证书的有效期为三年，取得证书后需要在有效期内至少一年一次接受认证机构安排的监督审核，在认证证书到期后，企业需要向认证机构提出复评的认证申请。
【法律依据】：《中华人民共和国行政许可法》 第三十九条行政机关作出准予行政许可的决定，需要颁发行政许可证件的，应当向申请人颁发加盖本行政机关印章的下列行政许可证件：
（一）许可证、执照或者其他许可证书；
（二）资格证、资质证或者其他合格证书；
（三）行政机关的批准文件或者证明文件；
（四）法律、法规规定的其他行政许可证件。
行政机关实施检验、检测、检疫的，可以在检验、检测、检疫合格的设备、设施、产品、物品上加贴标签或者加盖检验、检测、检疫印章。
