深圳企业境外投资备案的流程相对明确，主要涉及到发改委、商务部和外汇管理局三个部门的审批或备案。以下是具体的流程步骤：
一、发改委备案
确定申报路径：
中方投资额3亿美元及以上的深圳企业，需在国家发改委办理境外投资备案。
中方投资额在3亿美元以下的深圳企业在深圳市发改委办理境外投资备案。
在线申报：
申报单位登录全国境外投资管理和服务网络系统（新用户需注册，并通过审核），在线填写申请表单，上传规定格式的申请材料。
审核通过后，将获得相应的备案通知书。
二、商务部审批发证
申请备案或核准：
商务部门核准或备案，发放《企业境外投资证书》。
如果境外投资标的或运营行业涉及敏感国家和地区、敏感行业，需要实行核准管理。
提交材料：
常见的申请材料包括《境外投资备案表》、投资主体身份文件（如营业执照）、公司董事会决议或相关的出资决议、投资主体及合作外方资产、经营和资信情况的文件（如经审计的财务报表等）、中外方签署的意向书或构架协议等文件，以及发改委或商务部门要求的其他材料。
审核与发证：
商务部门对提交的申请材料进行审核，审核通过后发放《企业境外投资证书》。企业应在收到证书2年内在境外开展投资。
三、外汇管理局备案
外汇登记及资金出境：
在获得发改委和商务部的备案或核准后，企业需前往外汇管理局进行外汇登记及资金出境的相关手续办理。
投资金额500万美金以上的，需向外管部门汇报。外管部门审核后，向境内企业发放《境外直接投资外汇登记证》。
四、注意事项
办理顺序：
发展改革部门和商务部门的办理没有先后顺序且不互为前置条件，企业可并行办理。
有效期：
《企业境外投资证书》的有效期通常为两年，企业应在有效期内开展境外投资活动。如未能在有效期内开展投资，证书将过期，需重新办理。
材料准备：
企业应确保提供的材料齐全、真实，并符合相关规定。不同地区办理需要的条件和材料可能有所差异，具体以当地要求为准。
敏感项目：
如果企业境外投资涉及敏感国家和地区、敏感行业的，需要实行核准管理，所需材料可能会有所不同。敏感国家和地区包括与我国未建交的国家和地区、发生战争或内乱的国家和地区等；敏感行业包括武器装备的研制生产维修、跨境水资源开发利用、新闻传媒等。
深圳企业境外投资备案流程涉及多个部门和环节，企业需要仔细了解相关规定和要求，认真准备申请材料，并按照流程逐步办理。
