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出口集装箱货物进入集装箱堆场后，货运代理作为报关单位，应及时向海关递交出口货物报关单，随附上述其他报关单。报关员向海关递交报关单，即意味着清关(通关)工作正式开始。报关单位及其报关员必须承担相应的法律和经济责任。
①申报
申报(Declaration)有出口申报和进口申报之分。出口申报是指发货人(出口企业)或其代理(货运代理)在出口货物时，在海关规定的期限内，以书面方式向海关报告其出口货物的情况，随附有关货运和商业单据，申请海关审查放行，并对所报告内容的真实准确性承担法律责任的行为。出口申报，习称“出口报关”。
②审核单证
海关接受出口申报后，应对报关员所递交的所有单证进行审核。审单通常是以出口货物报关单为基础，根据有关国家法律、行政法规的规定，核对所收到的'报关单证是否齐全、正确、有效，内容是否一致。如果所审核的单证符合国家法律、法规规定，所交验的单证齐全、无误，海关随即着手对出口货物进行查验。
③查验货物
查验出口货物是指海关以出口货物报关单和其他报关单证为依据，在海关监管区域内对出口货物进行检查和核对。
在查验过程中，海关检查出口货物的名称、品质规格、包装状况、数量重量、标记唛码、生产或贸易国别等事项是否与出口报关单和其他证件相符，以防止非法出口、非法贩卖及偷漏关税等。
海关查验集装箱货物，一般在集装箱堆场和港区码头堆场。在特定情况下，可经海关同意派员去发货人的仓库或工厂查验。
海关查验货物时，报关单位应派员到场提供协助，并应海关要求，随时提供有关单证、文件及必要的资料。
④办理征税
征收出口税是海关的基本业务之一。由于征收出口税必将增加出口货物成本，影响其在国际市场上的竞争力，许多国家对其出口货物大部分不征收出口税。我国目前征收出口税的货物有纺织品、服装等，按规定应当缴纳出口税的出口货物，当海关查验货物，认为情况正常后，由海关根据我国《关税条例》和《海关税则》规定征收出口税。出口企业或其代理在向海关按规定税率缴清税款或提供适当担保后，海关方可签章放行。
⑤清关放行
清关放行是海关对出口货物进行监管的后一项业务程序。出口企业或其代理(货运代理)按海关规定办妥出口申报(报关)，经海关审核单证、查验货物和征收出口税后，海关解除对货物的监管，准予装运出境。在放行前，海关派专人负责审查核批货物的全部报关单证及查验货物记录，并签署认可，在装货单(在海运情况下)上盖放行章，货方才能凭该装货单(S/O)要求船方装运出境。海关在出口收汇核销单上加盖验讫章，退报关员，以供出口企业凭此到外汇管理局办理出口收汇核销手续。
报关企业接受进出口收发货人的委托办理报关手续，应当与进出口货物收发货人签订有明确委托事项的委托协议。进出口货物收发货人应当向报关企业提供委托报关事项的真实情况。报关企业接受进出口收发货人的委托，办理报关手续时，应当对委托人所提供情况的真实性、完整性进行合理审查，审查内容包括：
①证明进出口货物的实际情况的资料，包括进出口货物的品名、规格、用途、产地、贸易方式等；
②有关进出口货物的合同、发票、运输单据、装箱单等商业单据；
③进出口所需的许可证件及随附单证；
④海关要求的加工贸易手册（纸质或电子数据的）及其他进出口单证。
