企业申请两地车牌的流程因车牌类型（如粤港、粤澳等）、申请主体（内资企业或外资企业等）以及具体口岸要求的不同而有所差异。以下是一般的基本申请流程：
准备阶段：
确定申请类型及资格条件：企业要明确自己是申请从内地到港澳的车牌（如 FV 车牌），还是从港澳到内地的车牌（如粤 Z车牌），并根据相关规定确认自身是否满足纳税额、投资金额等方面的资格要求。
收集相关材料：
企业相关材料，如营业执照副本、商业登记证（外资企业）、注册证书、批准证书、验资报告、审计报告等，用于证明企业的合法经营和资质。
完税证明，由税务部门出具的企业上一年度或规定期限内的纳税证明，纳税金额需达到申请标准。
车辆相关材料，包括车辆行驶证、车辆登记证书、车辆购置发票、车辆照片等，证明车辆的合法性和基本信息。
驾驶人相关材料，如身份证、驾驶证、港澳居民来往内地通行证（港澳地区驾驶人）等，且驾驶人需符合相应的驾驶资格要求。
提交申请：
线上申请：登录相关地区交通管理部门或指定的政务服务网站，按照系统提示注册企业账号，并填写详细的申请表格，上传申请材料的扫描件或电子文档。
窗口提交（部分情况）：某些地区可能要求企业将纸质申请材料提交到指定的办事窗口。在提交材料时，需确保材料的完整性和真实性，并按照要求进行分类整理和装订。
审核阶段：
初步审核：相关部门对企业提交的申请材料进行初步审查，检查材料是否齐全、是否符合格式要求等。如果发现材料存在问题或不完整，会通知企业补充或修改材料。
实质审核：对通过初步审核的申请，相关部门会对企业的资格条件、纳税情况、车辆信息等进行实质性审核，可能会与税务部门、工商部门等进行信息核实和比对。此过程可能需要一定的时间，企业需要耐心等待。
现场核查（如有需要）：根据具体情况，相关部门可能会对企业的办公场所、车辆状况等进行现场核查，以确保申请的真实性和合法性。
领取牌照：
审核通过后：企业会收到相关部门的通知，告知申请已通过审核。此时，企业需要按照通知要求缴纳车牌制作费用等相关费用。
领取牌照及相关证件：缴费完成后，企业可以到指定地点领取两地车牌以及《粤港澳机动车往来及驾驶人驾车批准通知书》等相关证件。对于需要安装电子识别标签的（如车卡、司机卡等），企业还需按照规定领取并安装。
不同地区和不同类型的两地车牌申请流程可能会有所不同，企业在申请前向当地的交通管理部门、公安部门或相关的政务服务机构咨询详细的申请流程和要求。