1、保税仓库货物进境入仓时，除易制毒化学品、监控化学品、消耗臭氧层物质外，免领进口许可证件。
(1)如果仓库主管海关与进境口岸不是同一直属海关的，按转关方式来办理，可以按“提前报关转关方式”申报，也可以按“直转转关方式”申报。
(2)如果仓库主管海关与进境口岸是同一直属海关的，经批准，可以不按转关运输方式办理，由经营企业直接在口岸海关办理报关手续，口岸海关放行后，企业自行提取货物入仓。
2、出仓报关
保税仓库货物出仓可能出现进口报关(进入市场)和出口报关(复运出口)。
(1)出口报关：保税仓库出仓复运出境货物，应当按转关运输方式办理出仓手续。是同一直属海关的，经批准，可以不按转关运输方式办理。
(2)进口报关(重点)
转为正式进口的同一批货物，要填制两张报关单，一张办结出仓报关手续，由保税仓库经营企业填制出口货物报关单。
另一张办理进口申报手续，按照实际进口监管方式，填制进口货物报关单。进口手续大体分为：
①保税仓库货物出仓用于加工贸易的，由加工贸易企业或其代理人按保税加工货物的报关程序办理进口报关手续。
②保税仓库货物出仓作为特定减免税货物的，由享受特定减免税的企业按特定减免税货物的报关程序办理进口报关手续。
③保税仓库货物出仓进入市场，由保税仓库经营企业按一般进口货物的报关程序办理进口报关手续。
④保税仓库内的寄售维修零配件申请以保修期内免费出仓的，由保税仓库经营企业办理进口报关手续，填制进口报关单，
贸易方式栏填“无代价抵偿货物”，并确认免税出仓的维修件在保修期内不超过原设备进口之日起3年。
(3)集中报关：保税货物出库批量少批次频繁，经海关批准可以办理定期集中报关手续。
3、流转报关
(1)保税仓库与特殊监管区域之间往来流转的货物，按转关运输的有关规定办理，保税仓库与特殊监管区域属于同事直属关区内的，可不按转关运输办理。
(2)保税仓库货物转往其他保税仓库的，应当各自在仓库主管海关报关，报关时先办理进口报关，再办理出口报关。
（2.1）存放货物范围和期限
海关规定，保税仓库适用于存放供来料加工、进料加工复出口的料、件；经经贸部门批准寄售维修零配件，外商寄存、暂存货物，转口货物；供应国际航行船舶的燃料、零配件；免税品等。属于一般贸易性质的进口货物不允许存入保税仓库，也不允许在保税仓库中对所存货物进行加工，但可在海关监管下进行改变货物包装或加刷麦码。保税仓库所存货物储存期限为1年。如因特殊情况可向海关申请延期，但延期不得超过一年，期满仍未转为进口也不复运出境的，由海关将货物变卖处理。
（2）建库制度
申请建立保税仓库应由保税仓库经理人持工商部门颁发的营业执照，填写《保税仓库申请书》，拧交验经贸主管部门批准经营有关业务的批件，向海关提出申请，海关派人员实地调查后，对符合条件的颁发《保税仓库登记证书》。所谓符合条件是指保税仓库应具有专门储存、堆放进口货物的安全措施，有健全的仓库管理制度和详细的仓库帐册；配合经海关培训认可的专职管理人员，保税仓库的经营者应具备向海关缴纳税款的能力。
（3）出入仓制度
保税货物在保税仓库所在地海关入境时，货主或其代理人应填写进口货物报关单一式三份并加盖“保税仓库货物”印章.
此货物系存入某保税仓库，经向海关申报，查验放行后，一份由海关留存，二份随货带交保税仓库。保税仓库经理人应于货物入库后即在上述报关单上签收，一份留存，一份交回海关存查。保税货物复出口时货主或岂代理人应当填写出口货物报关单一式三份并交验进口时由海关签印的报关单，向当地海关办理复运出口手续，经海关检查与实物相符合后签印，一份留存，一份发还，一份随货带交出境地海关凭此放行货物出境。保税货物经海关核准转为进入市场销售时，由货主或其代理人按照一般贸易进口货物向海关办理有关手续并交纳关税和代征税，海关签印放行后在原进口货物报关单上注销。
促进特色优势农产品出口。一直以来，海关通过加大企业对外官方注册的推荐力度、设立鲜活易腐农产品属地查检绿色通道、帮助企业积极应对国外不合理贸易限制措施，助力我国农产品“走出去”。下一步，将继续打好政策指导、便利通关、技术标准服务等“组合拳”，支持特色农产品扩大出口。
