股权代持协议是合法的。在有限责任公司的运营中，实际出资人与名义出资人之间可以签订股权代持协议，约定由实际出资人承担出资义务并享有投资权益，而名义股东则作为名义上的股东，履行股东权利和义务。只要该协议是双方自愿、平等地协商一致，且没有损害他人、集体、国家的利益，也没有违反法律的强制性规定，那么该协议就是合法有效的。
具体来说，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，有效的民事法律行为需要具备行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实以及不违反法律、行政法规的强制性规定和不违背公序良俗等条件。股权代持协议在满足这些条件的前提下，自成立时即生效。
股权代持协议在现行法律法规下是被认定为合法的。但需要注意的是，代持行为并不总是完全合法的，特别是当被代持人因身份原因有持股限制，或者代持股份对应的是拟上市公司或上市公司时，被代持人可能需要承担相应的行政责任。代持股协议是一份合法有效的合同，被代持人也可能因自己的身份属性及代持股份对应的公司性质而面临不同的法律后果。
股权代持协议在符合相关法律法规的前提下是合法的，但具体代持行为的合法性还需根据具体情况进行判断。
