保税仓库（保税存放进口货物）和出口监管仓库（保税存放待出口货物）是保税物流的基本形态和载体，特殊区域与这两者相比，主要是整合、集成、拓展了“保税仓库”和“出口监管仓库”功能，即货物从境外进入中心内实行保税，从境内进入中心享受出口退税，在中心内还能开展如保税仓储、简单加工和增值服务、国际物流配送、进出口贸易、国际中转和转口贸易、物流信息处理等多项业务，海关还赋予保税仓库一定的口岸功能。
保税区仓库主要功能
1、出口货物入区即可退税
2、替代香港存储暂进口货物，转口贸易货物，待售货物，保税商品展示
3、替代香港进行出口拼柜，进口拆柜，国际配送，深度分销
4、国际贸易退港返修保税加工检测、维修后再出口业务；
5、保税简单加工包括改箱、贴标签、分级分类、分拆分拣、分装、组合包装、打膜、加刷码、刷贴标志、更换包装、拼装、拆拼箱等具有商业增值的辅助性作业；
6、替代香港一日游，完成国货出口（退税）复进口物流业务（当天完成）；