药房药品经营许可证的办理流程通常包括以下步骤：
一、准备阶段
确定药房地址：选择药房的经营地址，并获得房屋安全鉴定报告。确保地址符合药品经营的相关要求。
注册营业执照：在工商行政管理部门注册药房的营业执照，取得合法经营资格。
配备专业人员：药房需要配备至少一名执业药师，以及必要的采购员等。执业药师需具备药师专业中专以上学历或相关专业大专以上学历，采购员也需具备相应的药学或相关专业学历。
二、申请筹建
准备申请材料：包括拟办企业法定代表人、企业负责人、质量负责人的学历、执业资格或职称证明原件、复印件及个人简历，专业技术人员的资格证书、聘书，拟经营药品的范围，拟设营业场所、仓储设施、设备情况等。
提交筹建申请：向拟办企业所在地设区的市级食品药品监督管理部门或省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门直接设置的县级食品药品监督管理部门提出筹建申请，并提交上述申请材料。
三、审核批准
受理与审查：食品药品监督管理部门对申办人提出的申请进行审查，根据不同情况分别作出处理。如果申请材料齐全、符合法定形式，或者申办人按要求提交全部补正材料的，会发给申办人《受理通知书》。
筹建决定：食品药品监督管理部门自受理申请之日起30个工作日内，对申报材料进行审查，作出是否同意筹建的决定，并书面通知申办人。
四、筹建完成后的验收申请
准备验收材料：包括药品经营许可证申请表、企业营业执照、营业场所和仓库的平面布置图及房屋产权或使用权证明、依法经过资格认定的药学专业技术人员资格证书及聘书、拟办企业质量管理文件及主要设施、设备目录等。
提交验收申请：申办人完成筹建后，向受理申请的食品药品监督管理部门提出验收申请，并提交上述验收材料。
五、领取药品经营许可证
组织验收：受理申请的食品药品监督管理部门在收到验收申请之日起15个工作日内（也有规定为30个工作日内），依据开办药品零售企业验收实施标准组织验收。
颁发许可证：如果药房符合开办条件，食品药品监督管理部门会颁发《药品经营许可证》。如果不符合条件，会书面通知申办人并说明理由，告知申办人享有依法申请行政复议或提起行政诉讼的权利。
在办理过程中，需要确保所有材料的真实性和准确性，并遵循相关法律法规和政策要求。如有任何疑问或需要的帮助，建议咨询当地食品药品监督管理部门或专业律师。