保税区进出货流程分为出口报关流程，进口报关流程，进出境转关流程。

深圳保税仓进出货流程，
保税区进出货流程分为出口报关流程，进口报关流程，进出境转关流程。
1.出口报关流程：国内货物进入保税区，办理出口报关流程，享受入区退税。
2.保税区内货物进口到国内，办理进口报关流程。
3.国外货物进入保税区仓库，办理进境货物备案申报，转关入区。享受免税
4.保税区货物出到国外或者转到其它海关监管区，办理出境货物备案申报。享受免税。
保税区所有功能都是围绕货物出入境、进出口申报流程执行。
1.国际转口贸易：
对国内、国外集装箱货物（包括来自不同国家、地区的）进行快速拆拼、集运、转运至境内外其他目的港。可开展转口贸易为核心的服务贸易活动，提升口岸功能。例如美国采购的润滑油暂存保税区免税仓储，国内采购包装材料在保税区进行分装分拣包装贴标，再转口到其它国家地区。

2.保税仓储：
深圳出口加工区仓库仓储、报关。除国家禁止进出口的商品外，园区内可保税储存各种贸易方式的进出口货物及其他未办结海关手续的货物。国内企业出口货物到保税区退税、仓储、再根据买家需要进口到国内或者出口到国外。

3.保税区分拣，包装，贴标：
国外进口货物、转口贸易货物进入保税区仓库仓储、可在仓库内开展货物包装、贴标、分拣的简单加工增值服务。进入保税区的任何商品均可以长期存放，区内仓库允许企业从事商业性简单加工，如货物分类、分装、包装、挑选、贴商标、刷头等。对转口、仓储货物的储存期限不作硬性规定。

4.保税区集中采购：
保税区出口包装集拼项目，产品为笔记本套件、鼠标、散热器、音箱、包材。国内供应A把出口鼠标到保税区、国内供应商B出口散热器到保税区、台湾供应商C经香港码头送货保到保税区（或经深圳码头转关到保税区），在这个过程中，AB供应商出口到保税区既可以退税或核销，台湾供应商C免税且自由通关进入保税区。另一包材供应商把包材出口到保税区，对以上套件进行包装、分拣、贴唛等等简单加工内容。