在申请深圳两地车牌过程中，主要涉及以下部门的关键审批流程，各部门分工明确，协同保障申请顺利推进。
广东省公安厅交通管理局
该部门是两地车牌申请的首要受理与审核主体。详细审查企业资质，确认企业是否符合申请资格；核查纳税情况，作为重要参考依据；对车辆信息及驾驶员信息进行严格把关。一旦申请材料符合所有既定条件，便发放《粤港澳机动车往来及驾驶人驾车批准通知书》，这是车牌申请获批的关键凭证。
深圳海关
申请人凭借前期获取的批文卡等必要材料前往深圳海关办理备案手续。海关在此环节对车辆进行全面备案，详细登记车辆各项信息，并核发备案证明以及车辆通关所需文件。严格检查车辆是否满足海关制定的相关规定，确保车辆具备合法合规的通关条件。
深圳边检总站
司机本人必须亲自携带相关证件前往深圳边检总站办理备案。边检部门会为司机进行拍照留存影像资料、录入指纹信息等操作，通过这些流程完成对驾驶员的全面备案工作。确保驾驶员信息准确无误地录入系统，为车辆后续顺利通关提供坚实保障。
香港运输署
针对粤 Z 车牌申请，香港运输署负责对车辆登记文件等相关材料进行审批。在审核通过后，发放《封闭道路通行许可证》（也就是俗称的“禁区纸”），并同步办理车辆在香港地区的相关登记手续，使车辆在香港的行驶及使用符合当地法规要求。