绿色工厂认证分为市级、省级、三种，办理流程大致如下:
1、自评价:企业参照《绿色工厂评价通则》等相关标准或要求，对自身用地集约化、原料无害化、生产洁净化、废物资源化、能源低碳化这些方面进行对我的评价，参考通则对比自己是否符合绿色工厂标准，编制《自评价报告》。
2、第三方评价:企业自评合格后，委托认监委备案的评审机构来到申报企业的进行现场评价，评审结束之后会出报告。
提交申请材料:将自评价报告和第三方评价报告等相关材料提交至所在地市的工业和信息化主管部门。3.
3、地市初审:所在地的工信部等会对项目真实性、达标情况、申报材料的完备性等进行初审。
4.省级评估:省工信委组织专家对初审汇总上报的项目进行评估审查。
5、评审(针对绿色工厂):工业和信息化部组织专家论证、公示及现场抽查等环节，终确定绿色工厂单。
办理绿色工厂认证的费用主要包括评估费用、认证费用和年度维护费用。具体费用因认证机构、企业规模、地区、认证级别等因素有所不同”。有报价显示，市级绿色工厂整体打包收费80000-100000 元，省级绿色工厂整体打包收费100000-120000元。也有介绍称评估费用通常在几万到几十万人民币不等，根据机构的评审服务和要求费用都会有很大差别，如果需要申报的企业对比多家机构进行对比之后再做出决定。
