在深圳，股权多次转让的公司若存在相关账务混乱、历史遗留问题或材料缺失等情况，会导致注销难度增加，具体如下：
账务混乱或账本遗失：如果公司因股权多次转让导致财务制度不健全、账本不齐全，或存在乱账、错账等情况，会影响税务清算的进行，进而增加注销难度。税务部门在清算过程中需要审查公司的财务账目，确保所有税款已结清。
税务问题：若公司在多次股权转让过程中存在未申报或未缴纳的税款，或被税务机关认定为风险纳税人、非正常户，将直接影响注销进程。公司需要先补缴税款、滞纳金和罚款，解除非正常状态后，才能继续注销程序。
工商异常：若公司因股权转让导致注册地址异常、未按时年报等问题被列入工商异常名录，需先解除异常状态，才能申请注销。
材料缺失或不完整：多次股权转让可能导致公司重要文件（如股东会决议、股权转让协议等）缺失或不完整，影响清算组备案和注销申请的提交。
法律纠纷或债务问题：若公司在股权转让过程中存在未解决的法律纠纷或债务问题，需先清理债权债务，确保无未了结事项，才能继续注销。