取消皇岗文锦渡沙头角三口岸货检功能
在罗湖口岸和福田口岸纯客运交通不变的前提下，保留深圳湾口岸货运交通，取消皇岗口岸、文锦渡口岸和沙头角口岸货运交通;调整后，深圳东部往来香港货运车辆统一由莲塘口岸通关，深圳西部往来香港货运车辆统一由深圳湾口岸通关，即为深港跨境货运“东进东出、西进西出”。
重建皇岗口岸及沙头角口岸联检楼 激发口岸扩大通关能力
现有口岸方面，皇岗口岸坐落于深圳市福田区南部，1989年开始启用，2003年1月实行旅检24小时通关，是我国第一个实行24小时通关的口岸，也是目前深港之间唯一实施24小时通关制度的口岸。皇岗口岸启用至今已超过30年，虽曾改造过但建筑风格已与深圳现代的城市形象不符，低下的通关效率与落后的查验模式也难以达到粤港澳大湾区背景下深港各资源要素便捷流通的要求。深圳市已计划对皇岗口岸进行重建，并由原深圳市规划国土委牵头开展了深港科技合作创新区空间规划和皇岗口岸重建专项规划研究。
沙头角口岸于1985年建成启用，由于建筑设备均存在使用寿命，该口岸长年累月的使用导致消防、空调系统和旅检楼用电线路等设施设备陈旧老化;口岸旅检楼多处墙、地面出现裂缝和不均匀沉降现象，存在安全隐患，深圳计划对沙头角口岸联检楼拆除重建。目前《沙头角口岸重建项目可行性研究报告》已编制完成，目前正在与盐田区政府协商进一步优化方案。
莲塘口岸Zui新进度
新口岸方面，莲塘口岸于2013年11月正式启动建设，目前总体工程(除“一站式”项目建设外)基本竣工，场地配套完成总工程量95%，已进入查验单位设备安装阶段，争取今年第三季度具备开通运行条件。
预计对中港两地车牌的影响
随着皇岗、沙头角口岸的关闭重建，短期之内会导致这两个口岸的中港两地车牌车辆溢出，这时就需要其它口岸去承载这一部分车流量。再反观文锦渡、深圳湾口岸，当前的日均车流已经趋近饱和，如果不做出改变，短期之内深圳出入境状态将会变得十分糟糕。所以，我们不妨大胆预计一下，在皇岗、沙头角口岸关闭之后，深圳湾将很有可能开通24小时通关，同时，莲塘作为新口岸也将采取24小时通关的形式，以分流因口岸关闭而溢出的中港两地车牌车流量。而且莲塘口岸设计初衷主要承担的是货运功能，再加之其它口岸的分流负担，初期发放的莲塘口岸车牌指标必然不会太多，目前港牌通预计莲塘口岸前期发放车牌指标数量为2000个。
在不久的将来，皇岗、沙头角口岸重建完成后，其通关效率必然会产生质的变化，同时，莲塘口岸的流量将会被释放，届时，预计将会发放新的一批中港两地车牌，特别是已经停办多年的皇岗口岸，肯定会备受关注。
