深加工结转是指加工贸易企业将保税进口料件加工的产品转至另一加工贸易企业进一步加工后复出口的经营活动。对转出企业而言，深加工结转视同出口，应办理出口报关手续，如以外汇结算的，海关可以签发收汇报关单证明联；对转入企业而言，深加工结转视同进口，应办理进口报关手续，如与转出企业以外汇结算的，海关可以签发付汇报关单证明联。关于深加工结转商品监管和加工贸易一样，只是在加工贸易禁止类商品中有部分是允许深加工结转的。
第一步就是备案，备案还分以下两个步骤。
1.1电子申请表备案，申请表备案，结转双方关于商品编码、品名和企业海关注册编码确认之后由转出方输入转出货物信息，产生电子口岸统一编号，通知给转入企业。转入企业在该申请表中输入转入货物信息之后申报，会产生一个申请表编号，由转入方通知转出方做发货登记。之后会有一个海关审批的动作，转入地海关审批通过后转出地海关审批。这个环节有的海关是人工审批，有的海关是自动审批的。大多不需要企业做什么动作。但收发货登记要在两地海关都审批通过之后才可以做。一般需要一两天时间。注意：1）电子帐册申请表的数量一栏可以不填，纸质手册必须填，有效期和手册的有效期一致；如果手册有延期动作，则申请表也要重新申报一次。2）转入转出方的商品编码前四位相同就可以进行备案，如果有差异以转入方为准。但有的海关要求商品编码完全一致，这需要双方沟通好。收发货登记
转出方根据转入方提供的申请表编号做发货登记，会产生一个收发货单海关编号，转入企业根据这个编号进行收货登记，待海关审批通过后，就可以对该票货物报关了。注意：收发货登记，转入方收货数据和转出方的发货数据在数量上要完全一致。
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1.2纸质申请表备案，申请表首先由转出方在转出地海关备案，转出地海关留下第一联其余三联退还企业，转出方寄给转入方填写好信息后在转入地海关备案。转入地海关留下第二联，剩余两联退还企业。转入方留下第三联报关用，将第四联寄给转出方报关。商品编码原则同电子申请表。
注意：纸质申请表填写时不允许修改，有效期为90天。
第二步就是报关，当然在做报关之前我们要做一些前期的准备工作，深加工结转采用分批送货集中报关的模式，一般一个月报一次。每月月初双方的关务对上个月的实际收发货数据进行核对，包括品名、编码、数量、金额。核对无误后，进行电子收发货登记。纸质申请表可以用之前审批好的。
这些工作做好之后，第二步才是报关。由转出方根据核对好的数据做报关资料，寄给转入方。一般为合同、箱单、发票一式几份。不同企业有不同的要求，有的是两份，有的是四份。转入方收到报关资料后进行报关，一般都是代理。以电子帐册为例：转入方根据报关资料在捷关通系统中申报清单，清单中正确填写贸易方式（深加工结转），进口口岸，代理报关公司，其余报关单表头栏目由代理报关公司补填。清单报送电子口岸后产生报关单清单，转入方将报关单清单编号在报关资料上注明交给代理报关公司。
雄图物流保税区政策
报好后，转入方将预录单信息发给转出方报出口。转出方报好后，将出口报关单和核销单传真给转入企业付款。
当报关的工作做完之后就是付款当然付款首先应该准备付款资料：
一般为进口报关单付汇证明联原件、合同、箱单、发票、出口报关单复印件、出口收汇核销单复印件。不同监管区域的要求会有不同，例如：转出方在出口加工区内，则转入方付款时需要报关单付汇证明联原件、合同、箱单、发票和出境货物备案清单复印件。
资料准备完善就可以付款，付款根据结转方式分为以下几种：
1进料转进料：这种情况比较常见，由转入方直接付款给转出方。如果转出方还未付汇给境外供应商，则虽然理论上可以由转入方直接付汇给境外供应商，但长三角一带的银行大多不允许这样操作。
2 来料转进料：即所谓三方结转，付款时由转入方直接付汇到境外。
3来料转来料：转入方付汇给境外母公司，境外母公司付汇给境外供应商，境外供应商将加工费付给转出方。已上所讲的这几个步骤就是深加工结转的整个报关流程。
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