保税区：货物进口保税、出口退税；国产货物进区不退税；成品内销按原材料税率征税
保税物流中心：货物进口保税、出口退税；国产货物进区退税；内销按货物实际状态征税；货物通关快速便捷。
综合保税区：国外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关，并按货物实际状态征税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费。
深圳保税仓库因为是特殊的海关监管区域，所以所有存放在保税仓库的货物的报关都必须由区内的报关行进行操作。首先我们把保税仓库的报关分两步走；
1、入库报关，货物送至保税区内，由报关行报出口报关单和进境备案清单，这样货物就可以拿到退税，货物也就相当于出口到国外了。
2、出库报关，货物装货至运输车辆，然后由保税区区内报关行报进口报关单和处境备案清单。这样的一整个流程也可以说是齐全的进出口报关了。
1、盐田港区已建成华南地区大临港仓储基地。
2、盐田目前共有临港仓库约40家，仓储总面积约130万平方米。其中出口监管仓库15家，仓储面积近50万平方米；保税仓库17家，仓储面积约73万平方米；普通仓库7家，仓储面积约7万平方米；其中冷库两个（保惠冷库、瑞源冷库），面积约4.5万平方米。盐田港后方陆域已建成华南地区大的临港仓储基地。
3、盐田监管仓：盐田马士基2号仓库、盐田马士基A、B、C、D、E仓库、盐田南半岛仓库、盐田港集团仓库、盐田裕泰仓库、盐田棋洋仓库、盐田怡合仓库、盐田文辉仓库、群辉仓库、飞驰仓库(USP)、天鹰仓库、中信仓库、太谷仓库、嘉里仓库(力又仓、中联仓、保马开仓)、长江仓库(TUR仓)、长江2仓库、美集仓库(NVO仓、保利佐川仓、即佐川急便仓)
4、深圳市其他主要出口监管仓：梅林华南国际物流中心仓库、八达仓库、笋岗外运仓库、笋岗梅园仓库、笋岗清水河湖北仓、金运达仓
保税仓库：深圳市盐田综合保税区（南片区|北片区|沙头角保税区片区）、深圳市坪山出口加工区、深圳市福田保税区、深圳市机场保税物流中心等区内仓库都属于保税仓库。
5、出口加工区加工的产品出口免税；中国境内的区外企业货物出口到区内退税；生产出口货物耗用的水、电、气可退还所含的增值税；加工出口产品所需进境的原材料全额保税；生产所需的机器、设备、模具进口免税；加工区与加工区之间产品、原辅料、机器设备等进出货物免税
深圳出口加工区主要功能如下：
1、保税仓储：货物在进入保税仓库环节以及存储期间，不征收进口关税,不受配额限制。
2、加工结转：来料加工、进料加工厂通过出口加工区享受退税后在境内销售或加工不再受限制。
3、转口贸易：进口货物在保税区存储可经简单加工后，即转手出口到其他目的国和地区。
4、简单加工：货物可以在保税仓库进行包装、分拣、贴唛，换唛、分拆、拼装等流通性加工。
5、检测，维修出口退运的货物，可直接在加工区进行检测、维修后，直接出往国外
6、区内集拼国内产品国外产品，可在区内简单装配，一起集拼发往国外
7、区内一日游，代替香港一日游出口加工区具有“境内关外”的作用，等同于香港，需要出口复进口的货物，只需在保税区内兜一圈，减少了物流费用
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