个体户和有限公司在税收上的区别是：
个体户一般是税务的机关根据其所在位置\规模\员工人数\销售商品等等来估算你的销售额,然后再给定税.不论当月的收入多少，有无收入都要按定税的金额来交税，个体工商户为定额税由税务专管员根据以上的情况核定。
有限公司一般应交的税种如下:
1、企业一般是根据企业的经济性质和经营的业务来确定企业应缴纳的税种和税率的;
2、从事生产、销售、修理修配的的企业一般要交增值税的，增值税的纳税人分为增值税一般纳税人与小规模纳税人(新设立的企业都是小规模纳税人)。
一般纳税人是指工业年收入能达到50万，商业年收入能达到80万的企业，一般纳税人的税率是17%，可以抵扣购进货物的进项税金;小规模纳税人税率目前为3%。
3、从事提供应税劳务(餐饮、服务、广告、运输、咨询等等)、转让无形资产或销售不动产的企业要缴纳营业税。营业税的税率根据行业不同，从3%到5%，个别的行业20%，如网吧等。营业税在地税缴纳。
4、企业所得税：是针对企业的利润征收的一种税，税率为25%。
企业所得税有两种征收方式：
核定的征收与查帐的征收，查帐的征收是依据企业的申报的收入减去相关的成本、费用算出利润之后再来根据利润的多少再乘以相应的税率，算出应纳税金。核定的征收就是不考虑你的成本的费用，税务机关直接用收入乘以一个固定的比率(根据行业的不同)，得出的数就作为是你的利润，然后再依据多少，乘以相应的税率。核定的征收一般适合核算不健全的小型的企业。个人的独资企业不缴纳企业所得税，而是在地税缴纳个人所得税。
5、此外企业还交纳一些附加税以及小税种。城建税和教育费附加是指增值税和营业税的附加税，只要交纳了后者的就要用交纳数作为基数乘以相应税率缴纳附加税。城建税根据企业所在地区不同，税率的分为7%(市区)5%(县城镇)1%(其他)，教育费附加税率是3%。小税种包括印花税、房产税的等，此外还要代扣员工的个人所得税等。此外，个体户和有限公司在登记注册的材料及流程等方面也有很大的区别。
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