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现阶段导致中小企业税收筹划风险主要有以下四个方面因素。
1、税收筹划基础不稳导致的风险
中小企业开展税收筹划，需要良好的基础条件。税收筹划基础是指企业的管理决策层和相关人员对税收筹划的认识程度，企业的会计核算和财务管理水平，企业涉税诚信等方面的基础条件。如果中小企业管理决策层对税收筹划不了解、不重视、甚至认为税收筹划就是搞关系、找路子、钻空子、少纳税；或是企业会计核算不健全，账证不完整，会计信息严重失真，甚至企业还有偷逃税款的前科，或违反税法记录较多等等，造成税收筹划基础极不稳固，在这样的基础上进行税收筹划，其风险性极强。这是中小企业进行税收筹划主要的风险。
2、税收政策变化导致的风险。
税收政策变化是指国家税收法规时效的不确定性。随着市场经济的发展变化，国家产业政策和经济结构的调整，税收政策总是要作出相应的变更，以适应国民经济的发展。国家税收政策具有不定期或相对较短的时效性。税收筹划是事前筹划，每一项税收筹划从初的项目选择到终获得成功都需要一个过程，而在此期间，如果税收政策发生变化，就有可能使得依据原税收政策设计的税收筹划方案，由合法方案变成不合法方案，或由合理方案变成不合理方案，从而导致税收筹划的风险。
3、税务行政执法不规范导致的风险。
税收筹划与本质上的区别在于它是合法的，是符合立法者意图的，但现实中这种合法性还需要税务行政执法部门的确认。在确认过程中，客观上存在由于税务行政执法不规范从而导致税收筹划失败的风险。因为无论哪一种税，税法都在纳税范围上，都留有一定的弹性空间，只要税法未明确的行为，税务机关就有权根据自身判断认定是否为应纳税行为，加上税务行政执法人员的素质参差不齐和其他因素影响，税收政策执行偏差的可能性是客观存在的，其结果是：企业合法的税收筹划行为，可能由于税务行政执法偏差导致税收筹划方案成为一纸空文，或被认为是恶意或偷税行为而加以处罚；或将企业本属于明显违反税法的税收筹划行为暂且放任不管，使企业对税收筹划产生错觉，为以后产生更大的税收筹划风险埋下隐患。
4、税收筹划目的不明确导致的风险。
税收筹划活动是企业财务管理活动的一个组成部分，税后利润大化也只是税收筹划的阶段性目标，而实现纳税人的企业价值Zui大化才是它的终目标。税收筹划要服务于企业财务管理的目标，为实现企业战略管理目标服务。如果企业税收筹划方法不符合生产经营的客观要求，税负抑减效应行之过度而扰乱了企业正常的经营理财秩序，那么将导致企业内在经营机制的紊乱，Zui终将招致企业更大的潜在损失风险的发生。税收筹划成本包括显性成本和隐含成本，其中显性成本是指开展该项税收筹划所发生的全部实际成本费用它已在税收筹划方案中予以考虑。隐含成本就是机会成本，是指纳税人由于采用拟定的税收筹划方案而放弃的利益。例如企业由于采用获得税收利益的方案而致使资金占用量增加，资金占用量的增加实质上是投资机会的丧失，这就是机会成本。在税收筹划实务中，企业常常会忽视这样的机会成本，从而产生筹划成果与筹划成本得不偿失的风险。
税收筹划是为企业价值Zui大化服务的，是一种方法与手段，而不是企业的Zui终目的，认识不清，也很可能会作出错误决定，如有的企业为了减少所得税而铺张浪费，大量增加不必要的费用开支；为了推迟盈利年度以便调整“两免三减”免税期的到来而忽视生产经营、造成连续亏损等，这种本末倒置的做法，对企业有害无一利，必然导致企业整体利益的损失，从而使得整体税收筹划失败。
