第二阶段审核应出具审核报告，报告应对组织环境管理体系的符合性、有效性、充分性做出评价，并宣布现场审核推荐结论，审核结论由审核组讨论由审核组讨论后，由组长做出，现场发现的问题以不符合报告形式提出，要求组织整改，由组长确认后，交中心。
体系审核的有效性是一个成熟的审核员追求的目标和审核机构实力的体现。ISO14001审核过程中，根据导则62及EA110的规定分阶段和第二阶段，两个阶段审核侧重点的准确把握是ISO14001审核的有效性的重要保证之一。两个阶段在ISO14001审核过程中体现不同的层次和不同的侧重点，一阶段审核是二阶段审核的基础，通过一阶段的审核明确二阶段审核的重点的方向；二阶段审核是在一阶段审核基础上对体系运行所作出的全面、系统的评价。通过一阶段的审核，指出体系在策划方面、体系的基础性工作方面以及控制对象方面存在的不足之处，推动受审核方把握环境管理体系实施不偏离重点，为体系有效运行提供准确方向，也为审核机构进行第二阶段审核提供可行的条件。
一阶段审核是二阶段审核的基础，通过一阶段的审核明确二阶段审核的重点和方向；二阶段审核是在一阶段审核基础上对体系运行所作出的全面、系统的评价。通过一阶段的审核，指出体系在策划方面、体系的基础性工作方面以及控制对象方面存在的不足之处，推动受审核方把握环境管理体系实施不偏离重点，为体系有效运行提供准确方向，也为审核机构进行第二阶段审核提供可行的条件。
一阶段审核侧重点的把握是审核实践过程中的难点，常见的不足之处有：一阶段审核不充分，该阶段发现的不符合却在第二阶段开出；或者一、二阶段重复审核某些要素，特别是4.2，4.3.1，4.3.2，4.5.4，4.6等要素，导致审核资源的浪费。笔者就一阶段审核侧重点把握作以下一些粗浅的分析。
为什么 ISO14000管理标准是必要的？
这个标准的初衷是既要有利于环境，又要有利于经济，当然还有社会问题。毫无疑问，这些年世界经济的发展带来了众多的好处和社会进步。就经济发展而言，世界范围内自然存在着明显的区别。西方工业国家，美国和欧盟国家，属于经济先国家，他们在很多方面都称得上是榜样。中国正以惊人的速度发展成一个工业国家。特别是由经济开发区表现出来的强劲的经济增长，明确的表现了这种进步。工业国家在某种程度上也有苦涩的经历，那就是伴随着毫无约束的经济增长，出现了巨大的环境问题。长期以来，人们忽略了这些环境问题。刚结束的这个世纪是一个掠夺自然的世纪。在新开始的这个千年，保护自然将成为社会活动的中心。环境保护和经济发展是社会发展的两个重要方面。
遵循国际认可的标准，特别是环境标准，是影响国际竞争力的问题。尤其对于出口性国家，如中国，符合是一个重要问题。经济开发区犹如中国经济发展的发动机，及时寻求紧要的，必须的环保措施并不是次要工作，这已成为当前一要务。
ISO14000是自愿标准，且这是无法改变的，但中国政府已将实施ISO14000宣布为国家环境政策的目标。才签定我们这个中德政府间的合作项目，以便在中国企业中宣传和支持ISO14000的实施。
我们应始终认识到：在欧洲，环保也不是凭空臆想出来的，而是经历了一个发展的过程。当时有来自消费者和相关方的压力，有立法的压力，有废物处理费用增长，特别是工业废物，即特殊废物处理涨价的压力。特别是后者说明了：由于废物处理费用不断增加，如果企业能减少生产废物的话，则确实会节省资金。设计减少企业废物产生的方案，就意味着“环境管理”。未来的几年中，中国废物处理的费用也会上涨，“环境管理”的措施在此也会有助于节省资金。
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