1、合伙企业所得税的历史沿革
1997年颁布《合伙企业法》，首次确认了合伙企业这一法律实体，合伙企业一开始需要缴纳企业所得税，直到2000年《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号文）及《财政部国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》（财税〔2000〕91号），自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。
2006年《合伙企业法》进行重大修订，明确合伙企业分为普通合伙企业和有限合伙企业两种形式，同时第六条明确规定：合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。至此在国家法律层面正式确认了合伙企业是所得税“透明体”，由合伙人分别缴纳所得税。
2、个人合伙人就合伙企业的股权转让所得适用的税率
根据《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）第二条规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
合伙人企业的股权转让所得，其个人合伙人所适用的税率按照目前各区域税收征管的政策和理解不同，出现了两种不同的适用情形：
（1）：按照“生产经营所得”，适用5%～35%的五级超额累进税率。
根据《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》（国税发〔2011〕50号）规定：对个人独资企业和合伙企业从事股权（票）、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。此外，根据《财政部国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》（财税〔2000〕91号）规定，投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率。
很多地方税务机关在税务征管时会依据以上政策规定，判定合伙企业的股权转让所得属于合伙企业的生产经营所得，依据合伙企业生产经营所得采取"先分后税"的原则，对于个人投资者，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
（2）： 按照“财产转让所得”，适用20%税率
随着股权投资类合伙企业的盛行，全国各地更是刮起了“基金小镇”的热潮。有些地方为了鼓励股权投资类合伙企业入驻，规定对“合伙型股权投资基金中个人投资者取得的收益”，尤其是有限合伙人（LP）一律按“财产转让所得”征收20%的个人所得税。
PS:以下简单介绍全国部分地区关于股权投资合伙企业的税收优惠政策：
珠海市《珠海市横琴新区鼓励股权投资基金企业及股权投资基金管理企业发展的试行办法》（珠横新管〔2012〕21号）及《横琴新区促进股权投资基金业发展的实施意见》（珠横新管〔2012〕22号）：合伙制股权投资基金企业及合伙制股权投资基金管理企业由合伙人分别缴纳所得税，其中自然人有限合伙人的投资收益或股权转让收益部分，税率适用20%；普通合伙人的投资收益或股权转让收益部分，税率适用20%，其他营业收入按照5%-35%征收。法人合伙人从被投资企业获得的股息、红利等投资性收益属于已缴纳企业所得税的税后收益。股权投资基金管理企业自其获利年度起，前两年按所缴纳企业所得税横琴新区留存部分的给予补贴，后三年按所缴纳企业所得税横琴新区留存部分的60%给予补贴。
