保税区的作用和好处就是“保税”，
进入保税区的货物不需要交纳进出境关税和增值税，属于“境内关外”，国外货物入区保税，国内货物入区视同出口，实行退税。
对于设立在保税区的工厂，可以享受以下政策（好处）：
1）保税仓储。例如：企业将需要进口的国外零部件暂存于保税区，暂缓交纳进口税（节省大量资金），需要装配的时候再办理进口手续（节省物流成本）用多少进口多少，不用的还可以直接发往国外（若没有保税区，需重复办理进出口手续）
2）保税加工 一是利用零部件和成品和关税差异赚取利润（大体上说，越highlevel的东西进口铝越低）
简单说有两种，一是从国外进口零件，在国内加工成品，若没有保护区，需要交零件的关税，税率高，若是在保护区内加工为成品，（可以简单加工，也可以实质加工，不同保税区有不同的规定，监管条件也不同，加工越深，监管越严）再进口，就可以节约部分关税（成品率更低），当然也可以直接出口到国外。 二是赚取出口退税的利润（一日游），国内A企业的某个出口至保税区，相当于出口，享受退税（增值税9%- 17%），然后B企业（必须是加贸型企业），以加工贸易的方式进口（免税），装配为成品后再出口，A 企业赚取了出口退税的利润，B企业用到了国内低廉价格的配件（名义上国外进口），又节约了物流成本。
3 ）深加工结转。企业转给保税区内下一家企业继续加工，免征加工环节增值税，当然在进口的时候还是要根据货物性质征税的
4） 大部分保税区减免企业所得税，交易保税货物免征增值税，消费税，还给企业各种优惠政策。
5） 免税免征，可以避免进口货物到港时不能及时清关时产生的巨额滞港费。
