ISO14001审核过程中，根据导则62及EA110的规定分阶段和第二阶段，两个阶段审核侧重点的准确把握是ISO14001审核的有效性的重要保证之一。两个阶段在ISO14001审核过程中体现不同的层次和不同的侧重点，一阶段审核是二阶段审核的基础，通过一阶段的审核明确二阶段审核的重点的方向；二阶段审核是在一阶段审核基础上对体系运行所作出的全面、系统的评价。通过一阶段的审核，指出体系在策划方面、体系的基础性工作方面以及控制对象方面存在的不足之处，推动受审核方把握环境管理体系实施不偏离重点，为体系有效运行提供准确方向，也为审核机构进行第二阶段审核提供可行的条件。 
阶段审核是二阶段审核的基础，通过一阶段的审核明确二阶段审核的重点和方向；二阶段审核是在一阶段审核基础上对体系运行所作出的全面、系统的评价。通过一阶段的审核，指出体系在策划方面、体系的基础性工作方面以及控制对象方面存在的不足之处，推动受审核方把握环境管理体系实施不偏离重点，为体系有效运行提供准确方向，也为审核机构进行第二阶段审核提供可行的条件。
阶段审核侧重点的把握是审核实践过程中的难点，常见的不足之处有：一阶段审核不充分，该阶段发现的不符合却在第二阶段开出；或者一、二阶段重复审核某些要素。笔者就阶段审核侧重点把握作以下一些粗浅的分析。
一、 阶段审核的目的：
1、收集充分的信息，了解组织产品、活动、服务以及辅助设施包括动力（锅炉、发电机、空调、空压机等），能源（水、气、热、电等）的情况并通过对体系文件以及若干重点要素，特别是环境方针、环境因素、法律法规、组织机构和职责、环境管理体系审核、管理评审等要素的初步审核不等于粗浅的审核，了解现场也不等于走马观花，而要体现阶段的侧重点。通过现场的巡视和某些要素的审核确定第二阶段审核的切入点和重点，为第二阶段审核作好基础性工作。
2、阶段的审核，侧重审核组织在环境管理体系策划方面的情况，以及体系文件的符合性，确定第二阶段审核的可行性和所必要的条件。
3、通过必要的现场审核，对组织的管理权限、活动领域和现场区域等各个方面加以明确，后确认审核范围。由于环境问题的复杂性和不可分割性，审核范围的确认事关认证机构的质量风险。必须通过一阶段审核从以上三个方面准确界定审核范围。切勿将一些重污染工序作为相关方而将一些环境因素较为单纯、环境绩效比较良好的工序作为一个单独的组织来申请认证。