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有限合伙企业的税收
《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税〔2008〕159号)规定：“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取‘先分后税’的原则。所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。”根据上述“先分后税”原则，合伙企业应当将应纳税所得在合伙人之间进行分配，有限合伙人应当将分得的所得视为投资收益与自身的生产经营所得合并，以有限合伙人的自己名义申报缴纳企业所得税。
在计算企业所得税时应当注意：第一，无论合伙企业的所得是否分配至各合伙人名下，各合伙人都应当按应享受的比例确定应纳税所得额。
第二，根据《企业所得税法》第二十六条的规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益属于免税收入。因为合伙企业不属于“居民企业”范畴，所以有限合伙人从合伙企业分得的所得不属于免税收入。
第三，财税〔2008〕159号文件规定：“合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。”根据上述规定，合伙企业的亏损只能用该合伙企业以后年度的所得按规定弥补。
三、 运作模式
公司员工与公司的创始人共同出资组成有限合伙企业，该合伙企业通常由创始人担任普通合伙人，被激励的员工为有限合伙人。这样安排一是可以保证创始人的决策权，创始股东不愿意被其他利益相关者影响其对公司的控制权，二是被激励对象主要关注企业的成长及分红收益，对公司的管理权并不看重。
该持股平台设立后，并不经营实际业务，而是认购目标公司发行的新股即目标公司通过增资方式实行股权激励；或创始股东受让部分股权给该持股平台即通过股权转让方式实行股权激励。但有限合伙持股平台通过该方式实行股权激励时，对于新三板企业有一定限制，下文详述。
四、股权激励的资金来源
有限合伙企业受让目标公司的股权需支付的资金，应由有限合伙企业支付；而合伙企业的资金，实际来源于其合伙人的认缴出资。有限合伙人即被激励的员工资金来源主要包括：自有资金出资、创始股东赠与、创始股东借款。普通合伙人即创始股东，按照《合伙企业法》的规定即可以以劳务出资也可以以货币出资，但站在股权激励的角度来讲，应以货币出资为宜。
另外，由于《合伙企业法》规定合伙人可以不按出资比例分配进行利润分配，有些合伙企业的普通合伙人得到的利润会高于其出资比例。但在股权激励模式下，如果采用该种方式，实质上是相当于有限合伙人即被激励的员工让渡了一部分利益给创始股东。显然这实际上与股权激励的目的背道而驰，会伤害被激励对象的利益和积极性。因此，在有限合伙平台的股权激励模式下，普通合伙人应以货币出资，且以实际出资比例分配合伙企业利益。
