一方面，跨境商品运输的过程中涉及多个通关环节，可能会发生货物被扣押，严重的甚至被没收，其原因可能是货物侵犯了海关所在国知识产权的有关规定，出口商申报的产品信息与实际情况不符，出口货物违反海关违法货物所在国有关规定等，这些情况都会妨碍跨境出口贸易的顺利进行。
才能保证跨境物流供应链的与稳定。在跨境电商物流时代下，端到端业务是未来港航业的必然发展趋势，港口企业、航运企业、内陆物流企业的概念或者边界将日趋模糊，而集聚“全球海运能力+全球港口码头服务能力+全球地区物流/仓储/配送能力”的一体化物流服务商随之成为港航市场的主体。
但我国跨境电子商务物流行业需要政府的相关部门给予更有力的支持。我国跨境电子商务物流目前正在积极加速建立一个新的基本信息标准，但仅实现了一小部分标准化的信息流通，在另一个层面上，也是在阻碍我国的跨境电子商务物流行业的发展。
海外仓运作模式对信息技术要求颇高，物流信息系统、库存管理系统客户管理系统等必须有机衔接。出口易物流公司做得很到位：2008年首创“跨国电子商务全程供应链管理系统”- CK1，2009 年“动态仓库管理方法及系统”、 “地理分区邮件/快递标签”获国家专利，于 2015 年对 WMS（仓储管理系统）、调度系统、供应商管理系统系统全面升级。
