海口综合保税区是海南自由贸易港11个重点园区之一，在全岛封关运作前，园区承担试点一线放开、二线管住进出口管理制度的重要职责，重点发展免税品、国际贸易、先进制造等六大产业。
2020年6月1日海南自贸港建设全面实施。预计到2021年5月底，海口综保区将完成营业收入948.3亿元，同比（2019年6月至2020年5月）增长超过110%
一、保税区的特殊政策
（一）关税政策
从境外进入保税区的货物，其进口关税和进口环节税，除法律、法规另有规定外，按照下列规定办理：
1．区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和其他基建物资，予以免税；
2．区内企业自用的生产、管理设备和自用合理数量的办公用品及其所需的维修零配件、生产用燃料，建设生产厂房、仓储设施所需的物资、、设备，予以免税；
3．保税区行政管理机构自用合理数量的管理设备和办公用品及其所需的维修零配件，予以免税；
4．区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物件、予以保税。
上述规定范围以外的货物或者物品从境外进入保税区，应当贪污纳税。
转口货物和在保税区内储存的货物按照保税货物管理。
（二）手续从简
保税区与境外之间进出口的货物，由货物的收、发货人或其代理人向海关备案。对上述货物除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证管理。
二、 对保税区进出货物的监管
（一）对保税区与非保税区之间进出货物的监管
1．从保税区进入非保税区的货物，按照进口货物办理手续；从非保税区进入保税区的货物，按照出口货物办理手续，出口退税按照国家有关规定办理。
海关对保税区与非保税区之间进出的货物，按照国家有关进出口管理的规定实施监管。
2．从非保税区进入保税区供区内使用的机器、设备、基建物资和物品，使用单位应当向海关提供上述货物或者物品的清单，经海关查验后放行。
前款货物或者物品，已经缴纳进口关税和进口环节税收的，已纳税款不予退还。
3．保税区的货物需从非保税区口岸进出口或者保税区内的货物运往另一保税区的，应当事先向海关提出书面申请，经海关批准后，按照海关转关运输及有关规定输。
（二）对区内货物的监管
1．保税区内的货物可以在区内企业之间转让、转移；双方当事人应当就转让、转移事项向海关备案。
2．保税区内的转口货物可以在区内仓库或者区内其他场所进行分级、挑选、刷巾标志、改换包装形式等简单加工。
3．区内企业在保税区内举办境外商品和非保税区商品的展示活动，展示的商品应当接受海关监管。
为把综合保税区打造成为具有全球影响力和竞争力的加工制造中心、研发设计中心、物流分拨中心、检测维修中心、销售服务中心，必须对标高质量发展要求引进适合入区的项目，禁止自动化程度低、工艺装备落后等本质安全水平低的项目入区，禁止引进高耗能、高污染和资源性产品以及列入《加工贸易禁止类商品目录》商品的加工贸易业务。
