微生物广泛存在于自然界中，与人类的生产和生活息息相关。环境微生物群落多样性分析，基于Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台，对核糖体RNA高变区域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义
1. 测序质量评估分析；
2. OTU列表生成及注释；
3. 物种丰度分析；
4. 物种丰度差异性分析；
5. 群落结构分析；
1.研究环境中的微生物组成*全面的方案。本技术通过对环境中所有微生物遗传物质的解读，全面分析微生物群体的基因组成及功能，分析微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。
2.研究环境中的微生物组成*具有技术保障的方案：依托高测序平台，进行高通量测序，严格的质控系统保证产出数据质量极高。生物信息学分析内容丰富，除分析环境样品所包含的全部微生物的群体基因组成及功能和参与的代谢通路外，还能对微生物群体的多样性与丰度进行完整诠释，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。
（一）样品类型
1. DNA；样品浓度：≥50 ng/ul；样品总量：>10ug；样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0。
2.组织：菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取；
（二）样本运输
1. DNA样品置于1.5 mlRNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；
2.菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。
