公司对高管、核心员工实施股权激励，可以选择由高管、核心员工直接持股，或者由有限公司作为持股平台，也可以选择设立有限合伙企业。公司实际控制人选择由高管、核心员工持有有限合伙企业的有限合伙份额，公司实际控制人直接或间接持有普通合伙份额并作为执行合伙事务人，再由该合3伙企业持有目标公司股权。笔者提示公司实际控制人选择由高管、核心员工持有有限合伙的份额作为股权激励平台，可以有效将股权代表的表决权控制在自己手里，也可以避免应为员工离职而导致公司股权的频繁变更的麻烦。但高管通过有限合伙持有目标公司的股权，与高管直接持有目标公司的股权，在税务上有7项税收优惠无法享受。
一、有限公司作为股权激励平台入股目标公司的，目标公司向有限公司分红时，有限公司不缴纳企业所得税
有限公司作为持股平台，通过有限合伙企业间接持有目标公司股权时，有限公司取得的股息红利无法享受免税待遇。
1、《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条第二项：居民企业直接投资于其他居民企业取得的权益性投资收益免征企业所得税。所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
2、2018年12月25日，青岛市税务局局长信箱曾就“通过有限合伙企业间接取得的股息红利是否免税？”回复：“法人合伙人从合伙企业分得的收入，不适用企业所得税法中‘居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益’的免税优惠政策，应依法按应纳税所得额缴纳企业所得税。”合伙企业取得的股息红利等权益性投资收益分配给法人合伙人，法人合伙人取得此项不属于直接投资的投资收益时，应依据企业所得税法有关规定确定为应税收入。
二、个人转让上市公司股票的免增值税，合伙企业转让上市公司股票需缴纳增值税
根据税法规定，个人转让上市公司股票（除限售股外）取得的所得免征个人所得税。个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得免征个人所得税；持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，减按50%计入应纳税所得额；上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。个人转让上市公司股票，还可以享受增值税免税优惠。
但若自然人使用有限合伙企业持股，转让上市公司股票时不仅要面对可能高达35%的个税，通常因为溢价，还需要按照“金融商品转让”缴纳增值税，税率*高为6%，再加上增值税附加等税负，溢价部分的税负率可能超过40%。
三、目标公司转增资本时，自然人直接持股可以享受个税递延纳税优惠，而个人通过有限合伙间接持股时，无法取得税务局备案，不能享受税收优惠
《财政部国税局将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国的公告》（财税（2015）116号），自2016年1月1日起，全国范围内的中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本时，个人股东一次缴纳个人所得税确有困难的，可根据实际情况自行制定分期缴税计划，在不超过5个公历年度内（含）分期缴纳，并将有关资料报主管税务机关备案。目标公司将资本公积转增合伙企业股东的资本（股本），合伙企业不享有任何税收优惠政策，合伙企业的合伙人应当根据分配比例分别申报缴纳企业所得税或个人所得税。四、个人从上市公司取得的股息红利免税，个人通过有限合伙间接持有上市公司股票的不享有免税优惠《关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2015〕101号）规定：一、个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。
五、个人从新三板取得股息红利免税，但个人通过有限合伙间接持有新三板股票的不享有免税优惠《关于继续实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策的公告》（财政部、税务总局、证监会公告2019年第78号）：个人持有挂牌公司的股票，持股期限超过1年的，对股息红利所得暂免征收个人所得税。
个人持有挂牌公司的股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，其股息红利所得暂减按50%计入应纳税所得额；上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。
个人直接持有新三板的股票一年以上，可以免征个人所得税。但是个人通过合伙企业持有新三板股票一年以上，由于适用对象仅提及个人，不包括合伙企业，因此，在财政部、国家税务总局未更新政策口径前，不适用于合伙企业投资者的间接投资分红。
六、个人买卖境内上市公司股票免征所得税，个人通过有限合伙企业转让上市公司股票的，对个人合伙人应按5-35%的税率征税，而不是按20%征税
《国家税务总局稽查局关于2018年股权转让检查工作的指导意见》（税总稽便函[2018]88号）：......(三)关于自然人投资者从投资成立的合伙企业取得的股息、红利是否适用财税【2015】101号文件享受优惠政策问题的意见答：财税【2015】101号文件规定，个人从公开发行和转让市场取得上市公司股票，适用上市公司股息红利差别化个人所得税政策。
注：替代财税【2015】101号的*新文件为：《关于继续实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策的公告》（财政部、税务总局、证监会公告2019年第78号）。
合伙企业转让股权（股票）本来就是经营所得，对个人合伙人应按5-35%的税率征税，而不是按20%征税。
七、非上市公司授予本公司员工的股权激励，员工可以享受递延纳税优惠，个人通过有限合伙作为持股平台，不享有股权激励的政策
《财政部国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号）：关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知： 一、对符合条件的非上市公司股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励实行递延纳税政策
（一）非上市公司授予本公司员工的股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励，符合规定条件的，经向主管税务机关备案，可实行递延纳税政策，即员工在取得股权激励时可暂不纳税，递延至转让该股权时纳税；股权转让时，按照股权转让收入减除股权取得成本以及合理税费后的差额，适用“财产转让所得”项目，按照20%的税率计算缴纳个人所得税。
股权转让时，股票（权）期权取得成本按行权价确定，限制性股票取得成本按实际出资额确定，股权奖励取得成本为零。
合伙企业所得税政策存在的问题分析
（一）认定两层以上复杂的“嵌套”结构合伙企业的纳税义务存在困难
1.底层合伙企业M部分退出对外投资项目时，合伙企业N是先收回对合伙企业M的全部投资成本，还是按权责发生制逐个项目结转成本，将影响合伙企业N每一个纳税年度应纳税所得额的计算。大多合伙企业选择第一种做法。该做法虽然有利于合伙人延迟纳税，但违背权责发生制这一重要核算原则。
2.底层合伙企业M取得的收益，没有实际分配时自然人A2和法人B2是否发生纳税义务？如发生纳税义务，如何保证各层合伙企业的涉税信息能够在底层合伙企业投资项目退出时及时传递给顶层合伙人也面临一定的困难，尤其是在两层以上复杂“嵌套”可能存在信息沟通不畅的情况下。
3.《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）针对“利息、股息、红利所得”单独特殊化的处理规定是否适合“嵌套”合伙企业结构，法律属性是否需要穿透有待明确。即：针对合伙企业M取得的分红或者利息，自然人A2是按“利息、股息、红利所得”还是“经营所得”缴纳个人所得税？
4.针对两层以上“嵌套”合伙创业投资企业，如果按照《财政部税务总局发展改革委证监会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕8号）均选择单一投资基金核算，底层合伙企业的“股权转让所得”的法律属性能否间接穿透到顶层自然人的问题在实践中也存在争议。
5.两层以上复杂“嵌套”情形时，自然人合伙人纳税地点如何确定，在投资项目所在地、底层合伙企业M所在地、合伙企业N所在地之间如何选择存在不同理解。
（二）应纳税所得额的界定及现实误区
财税〔2008〕159号文件第三条规定，具体应纳税所得额的计算应按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）（以下简称《规定》）等规定处理。根据《规定》，我国合伙企业虽然被认定为所得税的“税收透明体”，但是其属于会计主体，需要独立计算合伙企业层面发生的收入、成本、费用、损失、利润等项目。
1.会计税法差异协调。一是合伙企业对外投资的股权项目采用公允价值计量，一般需要按《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》（2017年）对该投资“以公允价格计量且其变动计入当期损益”进行会计核算，对外投资项目在存在业绩对赌条款情形下会出现公允价值变动损益。二是符合条件的债务工具投资需要按照预期信用减值损失模型计算减值损失。按照《企业所得税法》相关规定，诸如公允价值变动损益、信用减值损失等会计处理结果，在企业所得税年度汇算清缴中要进行纳税调整，但是合伙企业不适用本法。
2.合伙协议条款的灵活约定能否影响应纳税所得额的计算也存在一定的现实困境。合伙企业对外投资多个项目跨期陆续退出时，一般优质项目先退出时存在损益。为避免合伙人提前纳税而后期亏损得不到弥补，合伙协议中往往约定“合伙人先收回全部成本，再计算收益”。然而，严格按照权责发生制处理时，逐项结转仅能扣除退出项目对应成本。合伙企业对这两种处理方式的选择，会导致不同年度应纳税所得额的计算结果出现偏差。
3.非货币性所得能否享受递延纳税优惠政策尚不明确。合伙企业投资的项目被资产收购、购买的可转换公司债券转换为股权等实现的非货币性所得，由于缺乏纳税必要资金，能否参照（财税〔2009〕59号）、（国家税务总局公告2015年第48号）、（财税〔2015〕41号）和（国家税务总局公告2015年第20号）等处理，尚不明确。这些政策没有提及合伙企业的适用性。
4.合伙企业募集资金在闲置期可能投向货币基金、理财产品等并取得收益。对于自然人而言，该收益应定性为“利息、股息、红利所得”并按照国税函〔2001〕84号文件处理，还是应定性为“经营所得”存在争议。《个人所得税法实施条例》中“利息、股息、红利所得”是指“个人拥有债权、股权等而取得的利息、股息、红利所得”，货币基金、理财产品等创新金融产品是否归属此范畴存在一定争议。
5.合伙企业对外投资的项目公司以未分配利润、盈余公积、资本公积转增股本时，是否要理解为合伙企业实现的所得，并按照《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）、《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）、《财政部国家税务总局关于将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国范围实施的通知》（财税〔2015〕116号）和《国家税务总局关于股权奖励和转增股本个人所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第80号）等规定缴纳所得税仍存在争议。对于法人合伙人而言，根据国税函〔2010〕79号文件，除股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本外，股息、红利等权益性投资收益收入需要确认收入；对于自然人合伙人而言，根据国税函〔2001〕84号文件，股票股利也属于“利息、股息、红利所得”范围。在间接投资和缺乏纳税必要资金前提下是否将非货币性的股息红利计入应纳税所得额有待明确。
（三）“先分后税”原则下是否需要动态调整资产计税基础存在争议
针对合伙企业所得税处理，财税〔2008〕159号文件和《规定》明确了“先分后税”原则。应当按照“先分后税”原则进行所得税处理的合伙企业生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。由此可见，合伙人是否纳税并非以合伙企业分红决议或者实际分配为依据，当年留存的所得也发生了纳税义务。
对于法人合伙人而言，对合伙份额的会计处理结果并不影响应当分得的应纳税所得额，在企业所得税汇算清缴时，通过《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》（A类，2017年版）中《纳税调整项目明细表》第41行“（五）合伙企业法人合伙人应分得的应纳税所得额”进行纳税调整。
对自然人合伙人而言，如果是经营所得，按《个人所得税法》及《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第62号）等规定按月或者季度预缴、年度汇缴处理。
当然，如果合伙人应分摊的应纳税所得额已经缴纳过企业所得税或者个人所得税，需要相应调整增加合伙企业持有的项目资产对应的计税基础（以下简称“内部计税基础”）；与此同时，是否需要动态调整增加合伙人对于合伙企业资产份额对应的计税基础（以下简称“外部计税基础”）尚无明确规定。《规定》第十六条关于合伙企业清算所得计算时允许扣除以前年度留存的利润的规定支持调整增加内部计税基础的做法。相反，如果合伙企业实际分配所得时，是否需要相应调减内部和外部计税基础尚无明确规定。
（四）亏损弥补规则容易导致税负偏高
虽然合伙企业所得税采取“穿透”纳税方法，但是按照《规定》要求，合伙企业亏损由自身弥补，而不是由合伙人分摊。财税〔2008〕159号文件第五条规定，合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其应纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。同时，《规定》允许企业用本企业下一年度的生产经营所得弥补年度亏损，但*长不得超过5年。此外，财税〔2019〕8号文件对亏损弥补采取特殊规定，对单一投资基金核算下合伙企业年度股权转让所得小于零不能跨年结转。
我国合伙企业亏损弥补方法借鉴了企业所得税处理思路，但在实践中存在诸多困境。
一是对自然人合伙人而言，由于国税函〔2001〕84号针对“利息、股息、红利所得”的特殊课税规则，只能在“经营所得”中弥补亏损。但是对法人合伙人而言，在合伙企业层面须按统一规则计算应纳税所得额，可能导致不同性质合伙人的亏损弥补方式出现差异，存在某些年度法人因为分红收益可以补亏不纳税、自然人分红收益单独课税而部分亏损继续往后结转等情形。
二是合伙企业对外股权投资尤其是创业投资，从投资到实际退出往往超过5年期限，可能导致前期费用无法弥补。此外，在合伙企业存续期间，合伙企业对外投资项目往往是好项目先退出、差项目后退出，存在有收益先纳税，亏损只能限定在以后5年内弥补的情况，客观存在亏损难以弥补情形。在*终清算环节时，合伙企业计算清算所得时可扣除亏损损失，如果清算所得小于零，法人合伙人的投资亏损可以在企业所得税税前扣除，自然人合伙人的投资亏损则无法得到弥补。
（五）缺乏固定程序的分配制度造成难以准确判定纳税义务
财税〔2008〕159号文件和《合伙企业法》有关合伙人应纳税所得额的计算原则是一致的，即合伙企业可按照合伙协议约定分配比例、合伙人协商决定分配比例、合伙人实缴出资比例决定分配比例、合伙人数量平均计算等四种方法计算应纳税所得额。
然而，缺乏固定顺序的应纳税所得额分配规则也导致一些现实挑战，主要包括以下三种情形。一是不同性质合伙人实际税负不一致，存在借助灵活协商分配方法进行的动机。二是现阶段投资者具有诉求多元化和风险承担能力差异大的特点，在合伙人层面存在优先级和劣后级等复杂结构化安排时，合伙企业对外投资项目陆续退出存在亏损或者少量收益，但是优先级合伙人可能通过优先分配资金的方式实际已经实现所得，导致合伙企业亏损但优先级合伙人已经实现所得或者合伙企业所得少但优先级合伙人实现了更多的所得。此时，在判断合伙人所得税纳税义务发生与否以及采取何种计税方法问题上存在较大争议。
（六）身份不符导致部分合伙企业无法享受创业投资企业税收优惠政策
近年来，关于创业投资企业的税收优惠政策一直在顺应经济社会发展进行调整。一方面，从优惠主体看，从*开始的创业投资企业延伸到创业投资企业（合伙）的法人合伙人与自然人合伙人，以及天使投资个人。另一方面，国家扶持和鼓励的创业投资项目逐步从未上市的中小型高新技术企业，向种子期、初创期的科技型企业转变，并逐步将初创科技型企业条件放宽。创业投资企业税收优惠政策的频繁变动，导致受到鼓励和扶持的企业类型和范围不断变化。部分合伙企业可能受到政策变动影响，不再符合政策优惠条件，无法享受创业投资企业相关税收优惠政策。
同时，合伙制创业投资企业选择单一投资基金模式核算存在管理费等无法扣除、年度股权转让损失不能跨年结转、符合《财政部税务总局关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》（财税〔2018〕55号）规定的投资额抵扣不足部分不得向以后年度结转等约束条件，导致自然人合伙人事先选择计税方法存在困难。此外，部分地方政府基于招商引资等需要，出台财政奖励或补贴、税收返还甚至核定征收等地方政策，导致合伙企业面临的综合税负差别较大，造成事前选址、事后迁址等现象频发。
完善合伙企业所得税政策的建议
综上，现行合伙企业所得税处理规则无法有效应对日新月异的现实变化。创新性的交易结构更需要契合的、规范完善的税收政策安排，以更好地符合市场监管需要、促进技术和资本要素的高效融合。合伙企业的所得税政策和“税收透明体”这一个关键问题密切相关。我国可以借鉴《OECD税收协定范本及注释（2017年版）》和BEPS多边公约等国际规则，明确“税收透明体”内涵、特定及一般处理原则（陈友伦，2021）。与此同时，可在借鉴国际经验做法和《企业所得税法》《个人所得税法》等相关规定的基础上，针对合伙企业的纳税主体、收入性质认定、成本费用税金损失扣除、亏损弥补等基本事项，以及会计税法差异处理、“嵌套”结构处理、灵活分配顺序下“通道业务”、反等特殊事项，制定出台明确的处理规则。
（一）明确“嵌套”等复杂交易结构的税务处理
在财税〔2008〕159号文件和《规定》基础上，为保证合伙企业“穿透”征税规则的一致性，存在两层以上“嵌套”结构时，建议作如下处理。
1.采取“穿透”到底的原则，即顶层合伙企业的自然人和法人合伙人作为纳税义务人，且纳税义务时间应遵循顶层合伙企业实际实现取得（不一定分配给顶层合伙人）这一基本课税原则。
2.在计税方法上，无论单层合伙，还是两层以上的复杂“嵌套”合伙，都应遵循我国企业所得税中权责发生制的处理原则，即合伙企业投资多个项目跨期先后退出时，按对应的投资项目历史计税基础结转成本，不宜采取先收回全部成本再计算收益的收付实现制原则，避免合伙人延期纳税。
3.就所得性质认定而言，将自然人合伙人通过顶层合伙企业投资的合伙企业中取得的收益界定为“经营所得”范畴更合适。就法律意义而言，是下层合伙企业对上层合伙企业的直接分配，而不是底层项目公司对顶层合伙人的间接分配，不宜界定为“利息、股息、红利所得”或“股权转让所得”（针对合伙创业投资企业）。
4.清晰界定不同所得的法律属性后，再严格按照“经营所得”“利息、股息、红利所得”或“股权转让所得”相关规则确定纳税地点、纳税义务人和扣缴义务人等涉税事项。
（二）完善合伙企业应税所得确认规则
合伙企业作为会计主体，应按照我国《企业会计准则》的相关规定进行账务处理。同时，借鉴《企业所得税法》中对收入、成本、费用、税金、资产损失等的相关规定，本文提出完善合伙企业应税所得确认规则的建议如下。
1.明确合伙企业的税会差异调整规则。允许合伙企业在出现公允价值变动损益、信用减值损失等情况时，可选择在年度汇算清缴时进行纳税调整；对于合伙企业在投资项目被上市公司收购等环节取得非货币性收益时，在缺乏纳税必要资金的前提下，可允许其参照现行企业所得税和个人所得税中递延纳税的做法处理；明确合伙企业对外投资的公司出现留存收益转增股本、资本公积转增股本时，合伙人是否需要缴纳所得税并调整增加资产计税基础。对间接投资尤其是两层以上“嵌套”合伙企业缺乏纳税必要资金情况，可明确暂不纳税并维持各环节资产计税基础不变。
2.明确“利息、股息、红利所得”的适用范围。考虑国税函〔2001〕84号文件历史背景和创新业务模式涌现，《个人所得税法实施条例》第六条（六）关于“利息、股息、红利所得”的范围定义中提及“拥有债权、股权等”是不完全列举形式，除一般意义债权和股权外，是否还囊括诸如货币基金、理财产品等资管产品、合伙份额等，有必要予以明确，避免自然人合伙人在“利息、股息、红利所得”和“经营所得”两种所得中抉择并影响纳税申报。
3.针对合伙企业层面通过非交易过户、清算等创新方式，建议将股权直接分配或过户到合伙人名下的情形按视同销售来处理。合伙企业虽然是所得税的“税收透明体”，但在自身层面仍应独立计算收入、成本、费用、损失、亏损等。《规定》中，在计算清算所得时，强调的也是全部资产或者财产的公允价值。
（三）“先分后税”原则下严格跟踪资产计税基础调整
在“先分后税”原则下，合伙人在没有实际获得合伙企业分配的所得的情况下已经产生了纳税义务。但是，如若合伙人后期通过转让、清算等方式退出合伙企业时，转让所得（涵盖应当分得的应纳税所得额对应的增值部分）仍需缴纳所得税。因此，为避免针对同一来源所得的重复征税，在“穿透”纳税的规则下，应注意明确合伙企业实现所得和实际分配所得时内部、外部资产计税基础的动态协调机制，将《规定》第十六条“扣除以前年度留存的利润”的做法不再局限在清算环节。
反之，合伙人通过转让合伙份额退出时，转让所得或者损失中已经全部或者部分体现合伙企业对外投资项目的增值或者减值，新合伙人持有的合伙份额计税基础相应发生变化。将来在计算合伙企业层面转让投资项目的应纳税所得额时需要调整，否则会出现针对同一来源所得重复征税。如果在税制设计中不作调整，可通过改变自然人权益性投资亏损弥补规则，将对合伙企业投资损失在当期或者结转到以后抵销其应税所得。*后，也需要通过引入反条款针对转让合伙份额行为的商业目的等进行合理规范。
（四）完善亏损弥补方式
针对国税函〔2001〕84号文件中“利息、股息、红利所得”的特殊课税规则导致的不同性质合伙人差异化补亏问题，应明确亏损弥补的跨年度跟踪管理及检查机制。考虑到创业投资企业持有周期长、存在前期费用无法扣除、优质项目先退出劣质项目后退出、自然人投资亏损后期无法弥补导致税负和收益不均衡等一系列问题，须制定更加具体、合理的亏损弥补政策。
可借鉴《财政部国家税务总局关于延长高新技术企业和科技型中小企业亏损结转年限的通知》（财税〔2018〕76号）的做法，将亏损结转期限放宽至10年，或者采取合伙企业存续期“算总账”做法，在其清算时实施多退少补的纳税处理（即将亏损结转期限放宽至合伙企业寿命期）。此外，王潇等（2018）提出，参照企业所得税的亏损弥补方式，通过设立一定损失扣除上限将合伙企业亏损分摊到合伙人，进而减少合伙企业先盈利后亏损导致的不匹配问题。但这种方法对法人合伙人有效，对自然人合伙人而言，在权益性投资亏损弥补规则未改变的前提下，分摊给自然人也无法发挥作用。此外，对合伙创业投资企业按照单一投资基金模式核算时，年度股权转让损失不能跨年结转的限制条件可适当放宽。
（五）明确有序分配顺序下的应纳税所得额的计算规则
严格遵循资金流分配顺序的灵活约定、成本费用分摊机制等并不能改变合伙企业层面按照财税〔2000〕91号文件规定独立核算收入、成本、费用、税金、损失等，并计算应纳税所得额。但灵活的分配顺序会影响纳税主体、应纳税所得额的实际分配比例等。同时，为有效应对“通道业务”等导致的灵活分配顺序，应将每一个纳税年度应纳税所得额的计算分配方法及其事后调整强调合理商业目的要求纳入一般反条款考量范畴。此外，针对合伙人层面优先级和劣后级的结构化安排，导致合伙企业亏损但优先级合伙人已经实现所得或合伙企业所得少但优先级合伙人实现更多的所得的特殊情况，也需要引入特殊处理机制，比如合伙人和合伙企业双申报机制、合伙企业在清算时“算总账”以解决存续期间合伙人无法申报问题等。
（六）明确合伙企业税收优惠适用要求
一方面，应解决好现有创业投资相关税收优惠政策条款适用性争议问题，有效应对多层“嵌套”合伙企业等复杂交易。另一方面，还可明确以下优惠政策：为避免重复征税，可给予法人投资者通过合伙企业间接股权投资取得分红收益免税待遇（王潇等，2018）。自然人合伙人通过合伙企业取得上市公司、新三板分红，在国税函〔2000〕84号文件单独认定为“利息、股息、红利所得”课税基础上，给予差异化个人所得税税收优惠处理。私募证券投资基金操作方式灵活，受监管程度低，且其投资者多为高净值人群，从优惠取向和维护社会公平的角度不能享受财税〔2008〕1号文件免税待遇。*后，可适当放宽合伙创业投资企业在单一投资基金模式核算时的限制条件，可在条件成熟时将北京中关村示范区、浦东新区特定区域试点的公司型创业投资企业优惠政策在全国范围推广。
合伙企业税收热点问题解读
（一）合伙企业的个人合伙人在合伙企业领取工资薪金，需要每月按照工资薪金项目申报个人所得税，季末年末再按照生产经营所得申报个人所得税吗？
不需要。自然人合伙人不用按工资薪金所得缴纳个人所得税，应将投资者工资调增合伙企业的生产经营所得后，按合伙人分配比例分到每个投资者了，然后由自然人投资者按照经营所得申报个人所得税。同时可在综合所得或经营所得中申报减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除，但不得重复申报减除。
依据：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条第五项第1目规定规定，经营所得，是指：1.个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得。
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规》的通知（财税〔2000〕91号）第三条规定，个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。第四条规定，个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税；第六条第一项规定，投资者的费用扣除标准，由各省、自治区、直辖市地方税务局参照个人所得税法“工资、薪金所得”项目的费用扣除标准确定。投资者的工资不得在税前扣除。
《国家税务总局关于办理2021年度个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》（国家税务总局公告2022年第1号）规定，同时取得综合所得和经营所得的纳税人，可在综合所得或经营所得中申报减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除，但不得重复申报减除。
（二)合伙企业注销，个人合伙人分配的所得应如何交税？
根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规》的通知（财税〔2000〕91号）第三条规定，个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人(以下简称投资者)。第十六条规定，企业进行清算时，投资者应当在注销工商登记之前，向主管税务机关结清有关税务事宜。企业的清算所得应当视为年度生产经营所得，由投资者依法缴纳个人所得税。前款所称清算所得，是指企业清算时的全部资产或者财产的公允价值扣除各项清算费用、损失、负债、以前年度留存的利润后，超过实缴资本的部分。因此，合伙企业注销，个人合伙人分配的所得应按经营所得缴纳个人所得税。
(三)个人合伙人转让其在合伙企业中的财产份额应如何缴纳个人所得税？
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条第八项规定，财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。又根据《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（税务总局公告2011年第41号）：个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式如下：
应纳税所得额＝个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。
(四)合伙企业对外投资分回的股息红利，其个人合伙人应如何缴纳个人所得税？
根据国税函〔2001〕84号第二条规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按财税〔2000〕91号所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
附：第五条个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。
前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
(五)合伙企业申报经营所得后，将剩余的利润打到个人合伙人账户，还需要交个人所得税吗？
个人独资企业和合伙企业按照规定申报缴纳经营所得个人所得税后，将利润分配给投资者不再缴纳个人所得税。
根据《中华人民共和国个人所得税法》、《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）和《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）的规定，合伙企业合伙人从合伙企业取得的所得，应比照“经营所得”计算缴纳个人所得税，不属于工资薪金所得。
(六)合伙企业内部股权转让要交什么税？要缴纳印花税吗？
解：根据《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)规定：“三、合伙企业生产经营所得和其他所得采取‘先分后税’的原则。合伙企业转让股权收入，再分配给自然人合伙人，自然人合伙人交个人所得税，法人合伙人交企业所得税。
自然人合伙人按财产转让所得缴纳个人所得税，根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条规定，个人所得税法规定的各项个人所得税的范围：财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
法人合伙人缴纳企业所得税。根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）第三条规定：企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。
不缴纳印花税。根据《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发[1991]155号）第十条规定，“财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。印花税是列举税，上述规定中列举的产权转移书据中不包含合伙企业份额，因此转让合伙企业合伙份额所立的书据不属于印花税列举的应税凭证，不征印花税。
(七)C是B合伙企业的个人合伙人，B合伙企业经营范围为管理咨询，持有A合伙企业份额，A转让了其持有的X公司股权。请问A分配给B的收益，C按什么税目交税？
答：根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条第五项第1目规定规定，经营所得，是指：1.个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得，因此C应按经营所得缴纳个人所得税。
《国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）第二条规定了：“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。为什么C不是按照利息、股息红利所得交税？
什么是股息、红利所得？根据《国务院中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条第（六）项规定：“利息、股息、红利所得，是指个人拥有债权、股权等而取得的利息、股息、红利所得。”
B合伙企业持有A合伙企业的是财产份额而非股权，B从A取得的不是股息、红利，所以B从A分配的收益需并入B的利润总额中，由C依分配比例计算并按经营所得缴纳个税。
如果本例修改为C是B合伙企业的个人合伙人，B对外投资X公司，分回股息、红利。请问B分配给C的收益，C按什么税目交税？此时C按照利息、股息、红利所得缴纳个人所得税。
(八)合伙企业应如何进行会计核算？
合伙企业不是一个独立法人（是独立的会计主体），不适用企业会计准则。财政部没有发布专门针对合伙企业的会计制度、准则或会计处理规定。《企业会计准则》第二条规定：“本准则适用于在中华人民共和国境内设立的企业（包括公司）。此处的“企业”，并没有限定其组织形式，因此可以适用于财政部暂时还没有发布统一规定的合伙企业会计处理。
合伙企业会计与其他企业会计的不同之处在于损益分配和所有者权益账户的设置。为了反映合伙人对合伙企业投资的增减情况及其在企业净收益(或亏损)中所占的份额，在合伙会计事务中，一般要设置三个所有者权益账户，“合伙人资本”、“合伙人提款”、“合伙人损益”科目，且以上科目均为一级核算科目。合伙企业一般不设置“资本公积”科目，由投入资本引起的各种资产增值可直接记人“合伙人资本”科目。
(九)自然人退伙如何缴纳个人所得税？
合伙企业“分配”给自然人合伙人，属于“来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得”，要具体问题具体分析，不考虑创投等特殊政策：
1.出资额（投入额），不属于个人所得，不缴纳个人所得税；
2.归属到该合伙人当年度未缴纳经营所得的未分配利润部分，按照“经营所得”项目缴纳个人所得税；
3.归属到该合伙人当年度“合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利”，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
4.以前已申报缴纳经营所得个人所得税后，将利润分配给投资者不再缴纳个人所得税；
5.除了上述能明确的，剩余的分配属于税务总局公告2011年第41号公告规定的范围，应按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。
例：某合伙人2022年1月退伙取得400万货币资金，其中：
1.出资额（投入额）180万，这部分不属于个人所得，不缴纳个人所得税；
2.2022年1月经营所得就是亏损，没有经营所得；
3.2022年1月合伙企业取得对外投资分回的利息或者股息、红利，该合伙人对应的分配份额80万，按“利息、股息、红利所得”适用税率20%计算缴纳个人所得税；
4.以前已申报缴纳经营所得个人所得税后，一直未分配该合伙人对应的分配份额110万，不再缴纳个人所得税；
5.剩余30万（400-180-80-110=30万），属于税务总局公告2011年第41号公告规定的范围，应按照“财产转让所得”项目。
