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相同点
就15%企业所得税优惠政策，横琴和海南自由贸易港在大体框架上的要求基本一致，即都要求：
（1）主营业务符合产业目录范围；
（2）主营收入占比达60%；
（3）实质性运营。
两地对于总分机构如何使用15%优惠的处理方式也一致。
不同点
1，产业优惠目录的侧重点不同
两个税收优惠区的优惠政策类似，但两者在产业定位上有很大的不同。
海南自贸港
侧重于发展旅游业、现代服务业、高新技术产业以及热带特色高效农业和高效制造业，广泛涵盖了全国和海南当地的“鼓励类产业”。
横琴粤澳合作区
因涵有促进澳门经济适度多元化发展的因素，侧重发展高精尖产业。如在高新技术产业领域，海南自贸港主要扶持发展深海科技、航天科技和油气、互联网、生物医药等领域，而横琴粤澳合作区，主要扶持集成电路、电子元器件、新材料、新能源、大数据、人工智能、物联网等领域。
两个区域对优惠产业目录的说法也不一致，海南自贸港的命名为鼓励类产业目录，横琴粤澳合作区提出的为企业所得税优惠目录。
2.实质性运营的要求不同
海南
海南对“实质性运营”的要求，根据企业是否为居民企业、是否为分支机构而有所不同，具体而言：
1.注册在自贸港的居民企业
（1）该居民企业从事鼓励类产业项目，并且在自贸港之外未设立分支机构。
（2）实质性运营要求企业生产经营、人员、财务、资产等都在自贸港，且该四项指标的具体内容如下：
生产经营——在自贸港有固定生产经营场所，且主要生产经营场所在自贸港或者对生产经营实施实质性全面管理的控制的机构在自贸港；
人员——满足生产经营需要的从业人员在自贸港工作，且与居民企业签订1年以上劳动合同；
财务——会计凭证、会计账簿、财务报告等会计档案资料存放在自贸港，主要银行结算账户开立在自贸港；
资产——拥有资产所有权或使用权并实际使用的资产在自贸港，且与企业生产经营相匹配；
2.居民企业设立在自贸港的分支机构
该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业，该居民企业对分支机构的生产经营、人员、账务、资产等要素都要能够实施实质性全面管理和控制，否则不属于实质性运营。
3.非居民企业设立在自贸港的机构、场所
具备生产经营职能，是指在自贸港有固定的生产经营机构、场所，具备与生产经营相匹配的软硬件支撑条件并开展相关业务。
横琴
目前横琴尚未就“实质性运营”出台具体的要求，但根据19号文的规定，“实际性运营”是指，企业的实际管理机构设在横琴，并对企业生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制。
3.计算主营业务收入的口径要求
两个区域都规定，享受税收优惠的企业主营收入占比须达60%，规定横琴税收优惠的19号文特别强调，计算主营业务收入占比时的“收入总额”应采用税务口径，即按照企业所得税法第六条的规定。
对此，海南没有特别规定。
