企业所得税
在该区域里符合条件的产业企业相对于内地企业所得税25%的税率减按15%征收企业所得税；
对企业符合条件的资本性支出，允许在支出发生当期一次性税前扣除或加速折旧和摊销；
对在合作区设立的旅游业、现代服务业、高新技术产业企业新增境外直接投资取得的所得，免征企业所得税。
除此之外，在澳门的中医药以及食品企业等可在横琴贴字。
个人所得税
对于在横琴以及粤港澳合作区工作的境内外高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15%的部分予以免征；
对在合作区工作的澳门居民，其个人所得税负超过澳门税负的部分予以免征。
关税
从内地经“二线”（香港、澳门）进入合作区的有关货物视同出口，按现行税收政策规定实行增值税和消费税退税；
对合作区内企业生产的不含进口料件或者含进口料件在合作区加工增值达到或超过30%的货物，经“二线”进入内地免征进口关税。
