海关对出口货物原产地证书的申请和签发已基本实现电子化。证书签发的流程包括：证书申报、证书审核和证书签发。
申请人登录中国国际贸易“单一窗口”（https://www.singlewindow.cn/）—海关原产地证书—证书申请，或者登录“互联网+海关”平台—税费业务—原产地证管理—原产地证书签发，选择证书类型后进入证书申报页面，如实准确填报证书基本信息及货物信息。申请人录入信息时应注意页面提示的各栏目录入要求。
需要进行证书自助打印的申请人，应在首次申请证书前上传企业中英文印章及授权人员签名并完成授权。申请人须使用电子口岸法人卡登录中国国际贸易“单一窗口”—原产地证书自助打印—“印章管理”菜单，进行印章及签名的上传；此后，申请人进入“授权管理”页面—“印章签名授权”栏目，在已上传的印章及签名中选择默认印章及签名完成授权。
生产型企业可申请产品预审。在申请原产地证书时，通过预审的产品可便于审核人员确认其原产资格。
海关在审核原产地证书的过程中，对原产地证书的真实性或货物是否符合原产地标准开展审核，必要时可通过核查形式进行确认。
原产地证书审核通过后，企业须使用针式打印机在申领的空白证书上打印原产地证书，根据要求加盖企业中英文印章、授权人员签字后，到签证海关现场办理证书签发手续。对
于可自助打印的原产地证书，企业可使用具有自动双面打印功能的彩色打印机，在A4纸上自行打印原产地证书。