出入境动植物检疫证明的办理流程如下：
申请办理检疫审批手续的单位应当是具有独立法人资格并直接对外签订贸易合同或者协议的单位。
申请办理检疫审批手续在“互联网+海关”登录，并在动植物检疫模块下选择相应的类别。
申请的企业，提交注册信息，经审核通过后即可申请检疫许可证。
申请企业按要求填写申请单并上传随附单证，如果提交的随附单证不在列表内，须在“需要提供的其他材料”一栏中上传；在“其他随附单证”中填写上一份许可证使用信息，申请的需填写：“本公司为本年度新备案企业”。
许可证初审：直属海关受理人员接到随附单证后，与网上电子申请表核对，提交到审核人员，一般5个工作日内，审核人员将符合要求的申请表提交到终审人员，不符合要求的注明原因退单。
许可证终审：初审合格后，海关总署自受理初审之日起20日内，作出准予许可或不准予许可的决定。
审核通过后，海关总署或福州海关制发检疫批准文件。
出入境动植物检疫证明的用途主要是用于证明贸易中动植物及其产品的健康状况，确保其符合国际法规和进口国家的相关要求，防止病虫害和有害有机物质的传播和扩散，维护国内植物健康和农业生产的可持续发展。此外，该证明也是贸易国家履行国际法规要求的重要证明，为贸易各方提供了法律保障和权益保护