去日本的RCEP原产地证办理流程如下：
准备申请材料：包括申请人的营业执照副本复印件、委托他人办理的还需提交申请人签名的委托书原件、申请人身份证复印件、进口商营业执照复印件（如为代理商则提供代理授权书原件）等。
提交申请：将准备好的申请材料提交给中国驻日使馆经济商务参赞处（简称经参处），并填写申请表。
审核申请材料：经参处对申请材料进行审核，审核通过后，出具《中华人民共和国政府和日本国政府关于相互认可和保护出口产品原产地标记的换证协议》（简称RCEP），并通知申请人领取《中华人民共和国政府和日本国政府关于相互认可保护进口产品原产地证明书》（以下简称FORM）。
办理签证：申请人凭RCEP和FORM到日本大使馆或领事馆办理签证手续。
前往目的地国家：申请人持签证前往目的国家，在目的国家海关办理入境手续时需提供FORM及本人护照原件及复印件、个人资料表等材料。
完成通关程序：到达目的地国家后，将以上材料交给当地海关部门即可完成通关程序。
需要注意的是，如果货物的终目的地为欧盟成员国或澳大利亚等其他国家和地区的话，则需要根据具体要求准备相关材料；如果是以来料加工形式出口到上述地区的话，则需要提供《深加工结转登记卡》等资料。