跨境电商企业备案流程如下：
1、设立具有网上自有商城的进出口贸易公司，已经符合条件的则不需要重新设立；
2、准备质量诚信经营承诺书、跨境电子商务经营主体备案信息表、营业执照、公章、法人身份证、中华人民共和国组织机构代码证、网上商城网址等跨境电商企业备案所需的材料；
3、对外贸易经营者备案；
4、海关登记、商品做检验检疫；
5、电子口岸申请；
6、跨境电商备案。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第六条设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。
法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。
公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。
企业类型
跨境电子商务企业、跨境电子商务交易平台、支付企业、物流企业、物流企业（仅B2B）、监管场所经营人等。
企业管理
海关已实现报关单位备案、注销业务的“全程网办”，企业申请备案跨境电子商务的，需完成海关报关单位备案登记，再提交信息变更申请。
物流企业应获得国家邮政管理部门领发的《快递业务经营许可证》。直购进口模式下，物流企业应为邮政企业或者已向海关办理代理报关登记手续的进出境快件运营人。
支付企业为银行机构的，应具备银保监会或者原银监会领发的《金融许可证》；支付企业为非银行支付机构的，应具备中国人民银行领发的《支付业务许可证》，支付业务范围应当包括“互联网支付”。
备案流程
以“中国国际贸易单一窗口”为例，参与跨境电子商务企业办理报关单位备案后，需通过“卡介质”方式登录系统。
依次点击“海关企业通用资质一企业备案一变更申请〞。
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勾选所要备案的参与跨境电子商务企业类型。
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如无其他需更改事项内容，点击“下一步"。
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直至进入“文件上传”步骤，按提示上传相关附件供海关审核。
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上传完毕后，点击左上角的“申报”，提交海关审核。
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结果查询
通过“中国海关企业进出口信用信息公示平台”输入企业名称或统一社会信用代码，查询企业备案公示信息；也可通过该平台公示的“跨境电子商务企业名录”查询跨境电子商务企业备案信息。
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转载来源“深圳海关12360”