申请报关单CCPIT认证的流程如下：
准备相关资料：企业需要准备报关单文件、公司营业执照副本复印件等资料。如果是香港公司，可以直接提供MOB文件。
将资料文件邮寄给认证机构。
代理机构将资料文件拿到贸促会进行CCPIT商会认证。认证文件一旦提交便产生费用，不可撤销。
认证完成后，认证机构会发送正本扫描件给企业，并提供收件地址，将证书安排寄出。
申请报关单CCPIT认证时，需要注意以下事项：
提交认证的产品必须是由自认可的生产企业生产的，并且满足质量和规格要求。如果产品为品牌产品，需要在中国内地经过相关认证。
需要认证的报关单必须是海关放行后已经盖章的，无海关章的报关单一律不得认证。报关单可认证正本，也可认证正本复印件，但不可认证预录单或者无海关章的报关单。
报关单认证分三种：提供正本且认证正本、提供正本认证复印件、不提供正本认证复印件。具体办理哪种认证需要按照相关要求和实际情况进行选择。
办理CCPIT贸促会认证需要缴纳相应的认证费用，企业在认证时需要向认证服务机构提供支付凭证。
办理CCPIT贸促会认证可以自行办理或者找代理代办。自行办理需要在当地贸促会注册备案，找代理代办则需要提供相关的报关单资料即可。
此外，还需要注意认证的有效期，一般为3年，过了有效期需要重新申请认证。在准备申请资料和选择认证方式时，建议仔细核对相关要求和流程，确保申请过程顺利。