办理9403609990编码商检通关单的流程如下：
了解商检通关单的基本信息，包括所需材料、办理流程等。
准备相关资料，包括合同、发票、装箱单、提单等，并填写《出境货物报检单》。
向当地的出入境检验检疫局申请商检，并提交相关资料。
出入境检验检疫局会对申请进行审核，并进行现场检测。
合格的商品可以获得商检通关单，并加施检验检疫标志。
在出口时，将商检通关单和其他必要单据一起提交给海关，以便顺利通关。
办理商检通关单需要准备以下资料：
报检单：报检单的内容务必保持一致，并注明随附单据。如果在本地口岸报关出口，则选择申领“通关单”，如果在异地口岸报关出口，则选择申领“换证凭单”，即由货代在异地口岸换正式的通关单。
工厂检验报告：工厂检验报告由货物外包装生产厂提供，这是商检局签发的出口包装证，复印件即可。
出口合同、出口形式发票、出口PACKINGLIST装箱单：如果是进口货物，需要填写一式二份的必备单证，包括货物装箱单、发票、合同。如果是出口货物，需要提供出口合同、出口形式发票、出口PACKINGLIST装箱单等单据。
其他资料：根据货物的不同种类和进口国家的要求，可能还需要提供其他资料，例如植物检疫证书、热处理证书、减免税证明手册等。