有防微振要求的洁净厂房建筑物结构设计时，应根据建筑物内产品生产工艺布置及其对防微振有严格要求的部位、设备的设置状况和辅助设施—公用动力设施的布置以及振动或隔振措施状况等，并应密切配合做建筑结构防微振设计。建筑结构的防微振设计应依据不同行业、不同工序或不同设备的要求，按设计流程进行，建筑结构的防微振设计内容有建筑物地基基础、地面结构或底板结构和主体结构等的防微振设计。在国家标准《电子工业防微振工程技术规范》中对有微振控制要求的建筑物地基基础、地面结构、主体结构以及精密设备仪器的独立基础等的防微振措施作出了较详细的规定:有防微振要求的洁净厂房等建筑物内的设备布置时应做到，精密设备及仪器与动力设备的布置较靠近时，应对动力设备采取隔振措施;当楼层布置精密设备或仪器时，动力设备应布置在底层或楼层边跨，并应在楼层与精密设备或仪器所在区域隔离;通常不应将精密设备及仪器布置在受电梯振动影响的范围内;当楼层布置精密设备及仪器时，其位置宜位于梁、墙、柱等结构刚度较大的部位或附近。当建筑物为多层厂房时不宜设置起重设备，若必须设置起重设备时，宜采用悬臂式起重设备或其他振动影响较小的运输工具。设置在有防微振要求的建筑物内的动力设备及产生振动的管道进入防微振区域时，应采取隔振措施。
洁净厂房建筑物的防微振结构形式多样，通常应根据生产工艺要求和建筑物的建筑结构等确定。对建筑物地基基础的防微振设计主要要求:抗震设防烈度为7度、8度的地区，建筑物基础持力层范围内存在承载力特征值分别小于80kPa、100kPa的软弱黏土层时，应采用桩基或人工处理复合地基。采用复合地基时，应按国家现行标准《建筑地基基础设计规范》和《建筑地基处理技术规范》的有关规定进行载荷试验和地基变形验算;防微振厂房同一结构单元的基础不宜埋置在不同类别的地基土上。这里所指的软弱黏土层主要是淤泥、淤泥土、冲填土、杂填土或其他高压缩土层，这类土层支承载力低、压缩性大，基础沉降量大，容易产生不均匀沉降，使地坪、楼面、墙体等产生裂缝。精密设备、仪器有较严格的防微振要求，一般应选择桩基穿透软弱黏土层，若采用人工处理复合地基时，处理深度也应穿透软弱黏土层。地面结构或底板结构的防微振设计应该满足的要求是:集成电路制造厂房前工序、液晶显示器制造厂房、纳米科技建筑及实验室应按防微振要求设置厚板式钢筋混凝土地面。当采用天然地基时，地面结构的厚度不宜小于500mm，地基土应夯压密实，压实系数不得小于0.95。当采用桩基支承的结构地面时，地面结构的厚度不宜小于400mm，对于软弱土地区，不宜小于500mm;对于欠固结土，宜采取防止桩间土与地面结构底部脱开的措施;当地面为超长混凝土结构时，不宜设置伸缩缝,可采用超长混凝土结构无缝设计措施。地面或底板结构采用厚板，提高了地面的整体刚度，工程实践证明，这对于防微振是非常有效的。当采用桩基支承的地面结构时，由于地面与桩连成了一个整体，因此其厚度可以适当减薄;对于欠固结土，宜在浇筑底板结构前，将桩间夯压密实。