跨境出口电商的公司架构设置既要服务于具体业务运营模式及需求，也要综合考虑不同平台的规则及不同销售地区的法规要求。采取“独立站模式”、“平台+垂直精品模式”的跨境出口电商，通常需要以下公司主体。
顶层融资公司
是所有集团公司的Zui顶层控股公司，是公司股东持股、引入外部投资人、实施员工股权激励等股权安排的主体。顶层融资公司注册地视具体融资架构而定，例如国内融资架构下是一家境内公司、红筹架构下通常是一家注册在开曼群岛或其他离岸地的公司。
境内运营公司
负责公司管理及运营（包括技术支持、网店运营、行政支持等）、商品的国内采购及出口（如通过9610直邮出口等）、承租国内仓、自有品牌商品的设计、生产等职能，在国内融资架构下可能与顶层融资公司为同一家，在红筹架构下与顶层融资公司之间是全资股权控制关系。
香港业务公司
负责商品的国内采购及出口（如采用海外仓等模式）、通过独立站或平台销售、承租海外仓等职能，与顶层融资公司之间是全资股权控制关系。
海外销售公司
负责特定区域的商品销售、仓储、必要资质申请、本地财务结算等职能，例如平台要求本地企业注册店铺的地区、或者存在法规要求或建立本体团队需求的地区等，与顶层融资公司之间是全资股权控制关系。
采用“平台模式”、存在多账户运营需求的跨境出口电商（既包括泛品铺货模式、也包括垂直精品模式下采用多品牌矩阵策略等），除上述公司主体外，由于平台通常要求同一公司在同一区域只能注册一家网店，因此还需要网店账户公司。
网店账户公司
负责注册并持有网店账户，主要目的是为“绕开”平台规则对账户注册的限制，通常由某一集团公司下设全资子公司、或通过公司员工名义注册成立，原则上不从事任何其他业务运营。
