无菌室的结构设计，无菌室通常包括缓冲间和工作间两大部分。为了便于无菌处理，无菌室的面积和容积不宜过大，以适宜操作为准，一般可为9~12m2。缓冲间与工作间二者的比例可为1：2，高度2.5m左右为适宜。工作间内设有固定的工作台、紫外线灯、空气过滤装置，以便在进行微生物操作时切实达到无尘无菌。工作间的内门与缓冲间的门力求迂回，避免直接相通，减少无菌室内的空气对流，以便保持工作间的无菌条件。窗户应装有两层玻璃，以防外界的微生物进入。
无菌室的要求:
①无菌室内墙壁光滑，应尽量避免死角，以便于洗刷消毒。、
②应保持密封、防尘、清洁、干燥。进行操作时，尽量避免走动。
③室内设备简单，禁止放置杂物。
④工作台、地面和墙壁可用新洁尔灭或guoyangyisuan溶液擦洗消毒。
⑤杀菌前做好一切准备工作，用紫外线灯进行空气消毒。开灯照射30min后关灯，间隔30min后方可进入室内工作。
⑥根据无菌室的净化情况和空气中含有的杂菌种类，可采用不同的化学消毒剂。例如霉菌较多时，先用5%石炭酸全面喷洒室内，再用甲醛熏蒸；如果细菌较多，可采用甲醛与乳酸交替熏蒸。一般情况下也可酌情间隔一定时间用2ml/m3甲醛溶液或20mL/m3 丙二醇溶液熏蒸消毒。
⑦无菌室的大小，应按每个操作人员占用面积不少于3m3 的设置。