洁净室平面布置应合理安排洁净生产区、辅助区和动力区，并应符合下列要求:洁净区人员净化、物料净化和各种辅助用房，应合理分区布置;生产工艺或生产设备有特殊要求时，宜分隔为单独的房间;生产过程中排放腐蚀性气体的生产设备或生产工序应分类、集中布置或与其他生产房间分隔;发热量、发尘量大的生产工序或生产设备，宜与空气洁净度要求严格的房间分隔布置;洁净区的辅助设备、维修间等技术支持区，宜集中布置在洁净区的相邻房间，技术支持区的空气洁净度等级应低于洁净区的等级;若需在洁净区内设置洁净电梯时，应采取气闸间、洁净送风措施;应符合有关防火、消防等要求。洁净室的空间布置应满足下列要求:生产设备、物料运输系统应根据产品生产工艺要求布置，并应做到有效、灵活和操作方便;各类管线的空间布置应满足生产工艺、安全间距和维修要求;终端高效空气过滤器、照明灯具和各种公用动力设施的布置，应满足生产工艺、洁净度等级、安全生产和维修要求;洁净生产层的高度应按生产设备、微环境装置和物料运输设备的外形尺寸确定，技术夹层高度应根据具体工程要求确定。洁净室的空间布置，主要应做到:满足产品生产工艺要求，合理布置产品生产工艺设备，特别是高大设备的安排，合理布置物料运输系统，使产品生产做到有效、灵活和操作方便。由于工业洁净厂房中各种公用动力设施和管线、产品生产工艺所需管线、净化空调系统风管和末端装置、电气照明设施等种类繁多，在进行洁净区的空间布置时应充分兼顾以上各项内容，并做妥善安排。
根据已有或正在建设中的工业洁净厂房的空间布置状况表明:单层垂直单向流洁净室的上技术夹层的空间尺寸一般为2.0~2.5m;当采用活动地板时，下技术夹层为1.0~1.5m，有的面积较小的洁净室只有0.6~0.8m。所谓“多层”垂直单向流洁净室，上技术夹层空间尺寸是根据其使用功能和建筑结构确定，如在此空间是否安装循环风处理装置以及风管及过滤器或FFU的外形尺寸等确定，一般上技术夹层空间尺寸3.0m左右，有的可达4.0m;下技术夹层一般不仅是净化空调系统的回风静压箱，常常还设置有公用动力设施、生产辅助设施等，为了运行管理方便和必须的安全保护距离，一般下技术夹层空间尺寸为4.0m。非单向流洁净室只设有上技术夹层或技术夹道，目前各种用途的非单向流洁净室的上技术夹层的空间尺寸一般为1.5~2.0m，具体工程项目安排的使用功能和布置在此空间的公用动力设施、管线的多少和外形尺寸确定。洁净室内应少分隔，但下列情况应予分隔：按火灾危险性分类，甲、乙类的房间与相邻的生产区段或房间之间，或有防火分隔要求时，应设隔墙;在产品生产过程中，经常不使用的两个生产区段或房间之间;生产过程中排放影响产品质量的有损害性气体或化学污染物的工序、设备，宜分隔设独立房间。现今工业洁净厂房，一般推荐使用大开间的开放式生产设备布置，洁净厂房的布置应综合协调生产操作、设备安装和维修、公用动力管线、气流流型以及净化空调系统等各类技术设施的需要。