即使深圳公司的公章遗失了，仍然可以注销执照。公章的丢失并不会影响公司注销的进程。但在注销过程中，需要注意以下几点：
如果公司有备案的公章，需要先进行遗失登报公示，并重新刻制一个新的公章。因为在注销过程中，如国税、地税和银行等部门都需要用到公章，所以必须要有新的公章才能进行注销手续。
如果公司没有备案的公章，虽然可以直接重新刻制一个章进行注销，但如果公司在注销后需要办理相关的事务，如签订合同等，就需要使用备案的公章。因此，在注销前，建议进行备案的公章补办。
此外，除了处理公章遗失的问题，公司注销还需要完成其他法定程序，如成立清算组、清算公司财产、处理债权债务、向相关主管部门提交注销申请书等。只有在完成这些手续，并经过法定形式的审核、公告、决策后，公司才能正式注销。
请注意，如果在公章遗失后未能及时采取措施，可能会带来一些财产和法律风险。因此，建议尽快向公安机关报案，并在相关部门申请办理挂失，同时尽快制作新章，以保障企业的资产安全和顺利经营。
总的来说，虽然公章遗失可能会带来一些额外的步骤和注意事项，但并不会阻止公司进行注销。只要按照法定程序完成相关手续，公司仍然可以成功注销执照。
