日本法对外国企业在日本设立公司的种类没有限制，外国企业可以自行选择设立株式会社或合同会社。据不完全统计，截至 2015 年日本共有约264 万家公司企业，其中株式会社大约占94%。并且根据我们的经验，外国企业在日本设立的公司当中也以株式会社居多，我们就先详细讲解株式会社的组织结构。
株式会社的组织构成
(1) 股东大会
股东大会在日文中称为“株主総会”，是公司的Zui高决策机关，由全体股东组成。股东大会的权限因公司是否设置董事会的不同而有所差异。如果公司设置董事会，股东大会则主要決定公司经营的重大事项（比如，M&A、清算等事项），董事会则通常根据公司章程的规定决定公司日常经营的其他事项。如果公司不设置董事会，则股东大会作为公司的决策机关决定公司经营的所有事项。
(2) 董事及董事会
公司可以自由选择是否设置董事会。董事会在日文中称为“取締役会”，董事称为“取締役”。公司设置董事会的，其董事会需要由 3名以上董事构成。董事会选任代表董事，即法定代表人（日文为“代表取締役”），并决定公司的日常经营的相关事项，由各董事及代表董事予以执行。董事会应当至少每3个月召开一次董事会，除公司章程另有规定外，董事会应当由过半数的董事出席，董事会决议应当由出席董事会的董事过半数通过，与决议事项存在利益冲突的董事不能对该决议事项行使表决权
董事由股东大会选任，负责执行董事会的决议事项以及公司的日常经营。董事可以有股东担任，原则上任期为2年，根据公司章程或选任董事的股东大会可以缩短该董事的任期。日本公司法对董事及代表董事的国籍没有限制，非经常居住在日本的外国人也可以担任董事或代表董事。
(3) 监事及监事会
公司可以选择是否设置监事或监事会，设置董事会的公司通常需要设置 1名监事。监事在日文中称为“監査役”，监事会称为“監查役会”。如果公司未设立董事会，则原则上没有必要任命監査役。要建立董事会，至少需要三名董事，董事人数少于三名的公司也不要求任命監査役。监事由股东大会选任，监督董事的业务执行是否存在违反公司章程或法律的相关规定。监事的任期原则上为4年，与董事相同，可以根据公司章程或选任监事的股东大会缩短该监事的任期。并且，日本公司法对监事的国籍也没有限制，非经常居住在日本的外国人也可以担任监事。公司成立监事会的，监事会成员至少为3人。
(4) 其他机构
除上述公司常设机构外，根据公司的规模公司法可能对部分公司要求设置其他机构，公司也可以根据其业务需要设置“会计参与”协助公司制作会计资料设置“会计监查人”监督审查公司的财务账簿：以及设置决定高管报酬的报酬委员会、指定董事候选人的指定委员会等各个专门委员会管理公司。
很多在日本设立公司的客人的大多数都会选择「株式会社」。合同会社是在2005年的公司法引入的一种新型的公司「合同会社」。说「合同会社」是比较新型的公司类型，知名度一年比一年高，Zui近办理「合同会社」的客人也在增加。
合同会社的组织构成
（1）合同会社的社员构成
业务执行社员原则上，合同会社由社员执行业务。存在不止一名社员时，可以通过章程规定仅部分社员执行公司业务。业务执行社员相当于株式会社（不设置取缔役会公司）中兼任取缔役的股东。
代表社员原则上，合同会社中由执行业务的社员代表公司。通过章程或章程中规定的社员互选程序，可以从执行业务的社员中选定代表公司的社员。合同会社的代表社员相当于株式会社中兼任代表取缔役的股东。法人也可以担任代表社员。此时，法人需要设置职务执行人（由自然人担任）。职务执行人与业务执行社员名称相似，但二者是两个完全不同的概念。通过章程的规定，合同会社可以从代表社员中选定法人代表。
其他社员（除上述外）通过章程限定执行业务的社员时，其他社员会记载于章程中，但其他社员并不是必要登记事项，不会被记载于登记簿上。
（2）社员大会的职责
日本公司法没有规定被称为社员大会的公司机构，而是对业务相关的重要意思决定的要件加以单独规定，如章程变更必须取得全体社员的同意，股权转让时必须取得其他全部社员的同意等。在实务中，也有较多自行设置社员大会作为合同会社公司机构的情况。
那么了解了两种不同会社的组织架构后，就跟随银贝一起来看两种公司的不同点，优缺点对比及所需办理的材料吧。
01 株式会社与合同会社的不同
02 两种会社的优势与弊端
株式会社的优势与弊端
【优势】
○信用度比较高株式会社与个体经营不同，需要向法务局提交资料申请，没有问题后才被准许设立，相对个体经营比较信用度会比较高。
○解约税金方面上有多种选择个体经营的话是不承认经费这一说的，如果是公司的话是可以有经费发生的。
【弊端】
○需要花费用加入社会保险不论公司的规模，只要是雇佣了员工，就需要花费经费加入社会保险。
○法人税均摊制决算是赤字，每年也必须缴纳7万日币的法人税。
○报酬不和可以随意更改股东的报酬是需要经过股东大会决定的。原则上股东的报酬是至少一年的时间不能更改的。
合同会社的优势与弊端
【优势】
○没有任期限制合同会社的业务执行社员不存在任期，至退出公司或被除名等为止，业务执行社员的地位可以一直持续。
○能够迅速调整经营政策合同会社中持有出资股权的社员即为业务执行机构，无需另行设置取缔役、取缔役会或监查役等法定机构。
○没有分红限制能够自由决定分红比例。
无需进行财务决算公告若公司使用合同会社的形式，在处理业务时可以无需担心因财务决算信息的披露使本公司的信用或品牌受损。
【弊端】
○无法在金融商品交易所上市
○合同会社的知名度较低，有时难以取得交易相对方的信任。
○有些行政许可的取得条件于是株式会社
03 两种会社设立的流程
株式会社设立的流程①准备工作需要确定事务所的地址，公司名，经营范围，资本金金额，取缔役构成等事项，公司设立后，如果想申请经营管理签证的话，对于事务所的条件也有要求，原则上，住所兼事务所是不可以的，不可以是虚拟办公室，而是真实存在的事务所。
②制作定款，公证处公证定款是什么？定款就是记载并规定公司的目的，组织，所做活动，构成人员，执行业务等基本规定的章程。株式会社的定款的话，需要在制作后，到公司所在管辖的公证处进行公证。
③出资的履行根据定款所记载的金额以及出资方式，进行出资。
④登记申请确认到资本金入金后，向法务局进行设立登记的手续。向法务局的申请，需要由司法书士来进行。
⑤开业公司设立申请结束后，可以开始开展公司的业务。登记后，需要向税务署，社会保险事务所，劳动监督基准所等机关提出申告。
合同会社设立的流程①准备工作需要确定事务所的地址，公司名，经营范围，资本金金额，社员构成等事项。公司设立后，如果想申请经营管理签证的话，对于事务所的条件也有要求，这点需要注意！·原则上，住所兼事务所是不可以的。不是虚拟办公室，而是真实存在的事务所。②制作定款定款是什么？定款就是记载并规定公司的目的，组织，所做活动，构成人员，执行业务等基本规定的章程，合同会社的定款不需要进行公证。③出资的履行根据定款所记载的金额以及出资方式，进行出资。④登记申请确认到资本金入金后，向法务局进行设立登记的手续。向法务局的申请，需要由司法书士来进行。⑤开业公司设立申请结束后，可以开始开展公司的业务。登记后，需要向税务署，社会保险事务所，劳动监督基准所等机关提出申告。
04 设立公司的时候需要的资料
设立株式会社所需材料
【定款公证所需要的资料】
(1)所有发起人的印章登陆证明
(2) 委任状（委托进行定款公证的时候需要的资料）
【申请登记的时候需要的资料】
(1) 公司设立登记申请书
(2) 印花税
(3) 公司的定款
(4) 本店所在地决定书
(5) 公司设立时的取缔役就任承诺书
(6) 印章登录申请书
(7) 印章登录证明书
(8) 资本金汇人证明书
(9) 公司成立时的取缔役以及监查役的调查报告书
(10) 设立时关于资本金形成的代表取缔役证明书
设立合同会社所需材料
【申请登记的时候需要的资料】
(1) 公司设立登记申请书
(2) 印花税
(3) 代表社员的就任承诺书
(4) 本店所在地以及资本金决定书
(5) 印章登录申请书
(6) 印章登录证明书