洁净室（区）内只布置产品生产所必要的工艺设备以及有空气洁净度等级要求的工序和工作室。这样做的目的是尽可能减少造**、运行费用贵的洁净室（区）的面积，为此，通常情况下是将与有空气洁净度等级要求的产品生产工序、工艺设备、工作室设置在洁净室（区）内，对于没有空气洁净度要求的产品生产工序、工艺设备、工作室以及公用动力设施均应设置在非洁净室（区）内。应考虑大型工艺设备安装、维修的运输路线，并预留设备安装口或检修口；为防止设备检修时对洁净生产区的污染，平面布置时要考虑便于维修管理，有时可设置维修区。
在满足产品生产工艺和微振动、噪声要求等的前提下，宜将要求空气洁净度等级高的洁净室（区）靠近空气调节机房布置；空气洁净度等级相同的工序或工作室宜集中布置。为减少污染，洁净室（区）内要求空气洁净度高的工序应布置在上风侧，易产生污染的工艺设备应布置在靠近回风口的位置或下风侧。合理安排、布置生产洁净区，人员净化、物料净化、工艺设备及相应物料供应管线，净化空调系统和各种公用动力设施及其管线等是洁净室空间设计的主要任务。
进行空间设计时，应仔细考虑生产洁净区与相关的生产区之间的关系，必须使空间布置做到有效、灵活，对于一般的洁净室在吊顶上部或楼面下布置送风、回风和排风管道以及各种水、气、电管线等，需要设置必要的空间；对于垂直单向流为主的洁净室，应在选择好气流流型、净化空调系统的形式和空调机、空气过滤器的前提下，合理、有效地布置洁净室的空间。在洁净室设计特别是单向流洁净室设计中，气流流型、净化空调设备的选择和布置方案的选择是确定洁净室空间布置的主要因素；在一般建筑设计中，空调机是建筑物的附属设备，它仅仅是补充完善建筑物的功能设备，但在洁净厂房中净化空调设备是实现空气洁净度的主要功能设备。当然对工业洁净室来说，生产工艺设备、工具和产品生产所需纯水、纯气、高纯化学品以及稳定的电力供应等也都是洁净厂房产品生产所必须的重要条件。