混合流无菌车间厂房是将非单向流流型和单向流流型在同一洁净室内组合使用，单向流洁净室的设备费和运行费都很高，但在某些实际洁净室工程中往往只是部分区域有严格的洁净度要求，而不是整个洁净室（区）；在需要空气洁净度严格的部位采用单向流流型，其他则为非单向流流型；这样既满足了使用要求，也节省了设备投资和运行费用；混合流洁净室的一般形式为整个洁净室为非单向流洁净室，在需要空气洁净度严格的区域上方采用单向流流型的洁净措施，使该区域得到满足要求的单向流流型洁净区，以防止周围相对较差的空气环境影响局部的高洁净度。
混合流的气流流型，形成了洁净室内不同区域有不一样的空气洁净度等级，利用不同的气流流型的特点满足产品生产过程、操作过程对空气洁净度的要求，单向流工作区的范围、宽度可根据产品生产工艺要求或生产工艺设备确定，通常要求空气洁净度严格的生产过程在单向流区完成，人员活动、物料运输和要求不严格的生产操作等可在非单向流区进行。这样既满足产品生产要求，又能使操作人员的活动舒适，维修区或管道间利用回风保持一定的空气洁净度，既减少了污染又使整个洁净室的送风量减少，减少洁净室建造费用，降低能源消耗和运行费用。如果产品生产过程或生产设备要求较多地单向流区的宽度，采用层流罩已不能满足需要时，可采用多台风机过滤单元（FFU）构成所需宽度的单向流洁净区,此时为解决风机过滤单元的循环风的冷量平衡，应在FFU的送风静压箱内按计算需要增设干式表冷器对送风进行冷却、调节送风温度。
无菌车间厂房的压差就是使洁净室与周围的空间必须维持一定的静压差，对厂房外环境、洁净度不同的洁净室之间，或洁净室与一般房间之间保持适当的压差值。其目的是为了保证洁净室在正常工作或空气平衡暂时受到破坏时，洁净室的洁净度免受邻室的污染或污染邻室。洁净室与邻室维持正的静压差是较为常见的情况，实际工程中的工业洁净室和一般生物洁净室都是采用维持正压。但对于使用有毒、有害气体或使用易燃易爆溶剂或有高粉尘操作的洁净室，生产致敏性药物、高活性药物的生物洁净室以及其他有要求的生物洁净室需要维持负的静压差。当不同空气洁净度等级或产品生产工艺性质不同的房间之间按规定维持一定的静压差时，相邻洁净室（区）之间，如果静压差过大或因建造原因带来的缝隙，将会造成不应该出现的空气泄漏，严重时会使洁净室内的气流紊乱，洁净室（区）之间的静压差范围应为5-20Pa，并应采取可行的技术措施控制洁净室（区）之间的静压差。