不能申请出口退税的情况一：
出口商以自营名义出口，却不承担出口货物的质量、结汇或退税风险的，也就是说出口货物发生质量问题之后也不用承担外方的索赔责任的时候是不能够申请退税的。如果出口商不用承担未按期结汇导致不能核销的责任，或者承担因申报出口退税的资料、单证等出现问题造成不退税责任的，都不能申请出口退税。
不能申请出口退税的情况二：
出口商名义上是自营的，出口业务在实质上还是由本企业以及它所投资的企业以外的其他经营者，假借着这家出口商的名义在进行操作的，在这种情况下就不能申请出口退税。
不能申请出口退税的情况三：
出口商在货物验放以后，对海运提单上的各项品名、规格等进行修改，结果导致出口货物报关单与海运提单上的相关内容并不相互符合的，不能申请出口退税。
不能申请出口退税的情况四：
出口商将空白的出口货物报关单和出口收汇核销单等出口退(免)税单证交给一些并没有签有委托合同的货代公司、报关行，或者由国外进口方指定的货代公司以外的其他单位或个人使用，这种行为出现是不能申请出口退税的。
不能申请出口退税的情况五：
出口商是以自营名义出口的，它出口的同一批货物既签订了购货合同，又签订了代理出口合同(或协议)，这时候就不能申请出口退税了。
不能申请出口退税的情况六：
出口商并没有实质地参与出口经营活动，或者接受并从事由中间人介绍的其他出口业务，仍然以自营的名义进行出口的，不能申请出口退税。
